Po wielu latach Limanowski, wspominając ten czas, zastanawiał się, jak lekkomyślnie Polacy posyłali swoje dzieci do gimnazjum w głąb Rosji, gdzie groziło im wynarodowienie. O tym czasie wspominał wyjątkowo niechętnie.
"(...) ile bolesnych upokorzeń wypadało mi znieść; jak dotkliwie to nieraz odczuwałem w późniejszym życiu; jak niechętnie i wymijająco odpowiadałem, kiedy mnie pytano, gdziem chodził do szkół, jak gdyby to był z mojej strony występek, żem szkoły kończył w Moskwie, wśród Moskali." (Bolesław Limanowski, Pamiętniki 1835-1870, s. 51-52)
Naukę w gimnazjum realnym w Moskwie rozpoczął w 1847 roku. Kary cielesne były codziennością - bicie, klęczenie i chłosta. Karano za złe stopnie w nauce oraz różne drobne przewinienia. W klasach wyższych stosowano też karcer.
„Co do mnie, to szczęśliwie uniknąłem chłosty cielesnej. (…) W wyższych klasach zamiast chłosty cielesnej stosowano częściej krótsze lub dłuższe uwięzienie (karcer). I ja raz czy dwa odsiedziałem jedno- czy dwugodzinne więzienie. Wyższym stopniem kary były hańbiące kołpaki. Było ich dwa: jeden za lenistwo w naukach, przedstawiający ogromną głowę osła; drugi - coś bardziej potwornego, za jakieś wielkie przewinienie. Na kary te skazywano rzadko. Skazany uczeń stał w kołpaku w swojej klasie przez godzinę lub dłużej, czasem dzień cały. Nie wiem, jak na kogo, ale na mnie widok taki za każdym razem sprawiał przygnębiające, upokarzające wrażenie.(…)" (Bolesław Limanowski, Pamiętniki 1835-1870, s. 64-65)
Limanowski negatywnie oceniał kary jako środek wychowawczy.
"Pod względem wychowawczym działanie strachem na dorastającą młodzież zgubnie oddziaływa na jej charaktery. Jedni obojętnieją na kary i zatracają poczucie swej godności, u drugich rozwija się trwożliwość, zalęknienie przed wszelkim objawem jakiegokolwiek oporu, cecha właściwa niewolnictwa.. (…) Czy przy tym napędzanie rózgami i kołpakiem do nauki osiągało swój cel? Jeżeli chodzi o zwierzęcą tresurę, to systemem kar można zmusić do wykuwania zadanej lekcji. (…) Czy taki system kar, jaki istniał w gimnazjach rosyjskich, nie nadawał tym zakładom naukowym cech zakładów karnych, poprawczych?” (Bolesław Limanowski, Pamiętniki 1835-1870, s. 67)
Limanowski chętnie uczył się języków i znał ich kilka. Miał różne metody na opanowanie obcej wymowy.
„Miałem szczególny pociąg do uczenia się języków obcych. Nie wiem, gdzie wyczytałem, że najłatwiej można się nauczyć języka obcego przez czytanie dzieł w tym języku pisanym, chociażby z początku nie rozumiało się ich treści. Posługiwanie się słownikiem i gramatyką nie jest przy tym niezbędne, chociaż czasami nie zawodzi odwołać się do ich pomocy. Stosując się do tej rady zacząłem czytać powieści francuskie. Miałem jakąś opowieść Ancillona, przeczytałem ją więc, z rzadka tylko zaglądając do słownika. I pamiętam, że na początku nic nie rozumiałem, później uchwyciłem wątek treści i powieść wzbudzała coraz większe zainteresowanie. (…) W późniejszych latach, kiedy już byłem w czwartej klasie, zapisałem się do czytelni francuskiej i przeczytałem sporo powieści, zwłaszcza Dumasa. Nabyłem też większą znajomość języka francuskiego aniżeli niemieckiego (…).Uczyłem się też języków angielskiego i włoskiego. Chodziłem na zbiorowe lekcje angielskiego w ciągu całego roku szkolnego do lektora na uniwersytecie. Nie mogłem tylko dać sobie rady z wymową, a zwłaszcza „th”. Ażeby oswoić się z wymową angielską, chodziłem do kościoła anglikańskiego. Tam przed każdym siedzeniem na ławkach leżały Biblia i psałterz (…). Otwierałem więc księgę i pilnie śledziłem, kiedy pastor czytał głośno lub kiedy śpiewano. (…) Uczenie się języka włoskiego szło łatwo, wielce w tym była pomocna znajomość języków francuskiego i łacińskiego. Kiedy byłem już w szóstej klasie, przejawiła się chęć uczenia się języka hebrajskiego. Kupiłem wtedy gramatykę hebrajską po niemiecku (…) uczyłem się sam bez żadnej pomocy.” (Bolesław Limanowski, Pamiętniki (1835-1870, s. 78-79)
Szczęście w szkole bardzo się przydaje, zwłaszcza podczas egzaminów. Limanowski był pilnym i dobrym uczniem, ale i jemu zdarzyło się blefować, gdy trafił na trudne zadanie.
„Na egzaminie publicznym z tego przedmiotu – była to trygonometria – pocieszna ze mną zaszła historia. Wyciągnąwszy bilet odpowiadałem z taką pewnością siebie, że towarzyszący nauczycielowi świadek egzaminacyjny zaproponował postawienie mi stopnia celującego. Nauczyciel zgodził się, lecz po egzaminie powiedział mi, żem odpowiedzią swoją wcale nie zasłużył na postawiony mi stopień i że nie sprzeciwiał się temu jedynie dlatego, ażeby nie kompromitować swego towarzysza. I mniemam, że miał słuszność.” (Bolesław Limanowski, Pamiętniki 1835-1870, s. 92)