Student
Moskwa
Podczas nauki w gimnazjum moskiewskim Limanowski zainteresował się historią. Niestety, z powodu wprowadzenia przez władze ograniczeń w przyjmowaniu kandydatów na studia, nie mógł dostać się na Wydział Historyczno-Literacki. Rozpoczął więc naukę na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Moskiewskiego w 1854 roku. Nie zrezygnował jednak ze swoich zainteresowań i uczęszczał równocześnie na wykłady z historii i filozofii.
„Nie mając pociągu do przedmiotów własnego wydziału zaniedbywałem je, a natomiast przez cały pierwszy rok stale uczęszczałem na wykłady historii starożytnej i archeologii, czyli raczej historii rozwoju pojęć religijnych.” (Bolesław Limanowski, Pamiętniki 1835-1870, s. 103)
Właśnie wtedy Limanowski podjął się nakreślenia podstaw nauki o funkcjonowaniu społeczeństwa, nie znając dokonań Augusta Comte w dziedzinie socjologii. Można pokusić się o stwierdzenie, że to on odkrył socjologię na gruncie polskim.
„Wówczas to [1854] powziąłem także myśl nakreślenia pewnego rodzaju fizjologii, której przedmiotem jednak nie byłoby życie pojedynczego człowieka, lecz społeczeństwa ludzkiego. Nie wiedziałem jeszcze wtenczas, że zarys już takiej nauki został nakreślony przez Augusta Comte`a. I co ciekawe, że już wówczas mniemałem, że w rozwoju życia społecznego rodzina ma to samo znaczenie, co komórka w życiu osobnikowym (…).” (Bolesław Limanowski, Pamiętniki 1835-1870, s. 126)
W tym okresie włączył się do czynnego życia politycznego w środowisku polskim. Przygotowywał między innymi wykłady z historii Polski dla nielegalnego Polskiego Koła Młodzieżowego.
Dorpat
W 1858 roku wyjechał do Dorpatu (obecnie Tartu w Estonii, wówczas wcielony do Imperium Rosyjskiego) i na tamtejszym uniwersytecie kontynuował studia medyczne. Aż do I wojny światowej językiem wykładowym na dorpackiej uczelni był język niemiecki. Podczas zaborów w Polsce kształcili się tu Polacy, niechcący zdobywać wiedzy na uniwersytetach rosyjskojęzycznych w Królestwie Polskim i w innych częściach Imperium Rosyjskiego. W swoich Pamiętnikach Limanowski pisał, co było powodem przeniesienia z Moskwy na studia do Dorpatu.
„(…) lecz prawdziwym, istotnym powodem była chęć zerwania z przeszłością, która wiązała się z wpływami rosyjskimi, chęć wydobycia się z tych wpływów – że tak powiem - odmoskalenia się zupełnego i rozpoczęcia na nowo życia polskiego w całej jego świadomości” (…).” (Bolesław Limanowski, Pamiętniki 1835-1870, s. 159).
W 1859 roku porzucił studia medyczne jako niezgodne ze swoimi zainteresowaniami i przeniósł się na Wydział Filozoficzny.
Paryż
Na wieść o organizowaniu przez gen. Ludwika Mierosławskiego, Legionu Międzynarodowego w Neapolu (1860 r.), opuścił Dorpat i w Paryżu zapisał się do Polskiej Szkoły Wojskowej, uczęszczając równocześnie na wykłady z matematyki i historii na Sorbonie i w College de France. Właśnie w tym czasie Limanowski zapuścił słynną brodę, którą nosił do końca swego życia. W Paryżu opublikował pierwszy artykuł Korespondencja z Inflant Polskich oraz życiorys Emilii Plater.