Na Vysočině je velké množství rybníků, nejvíce jich najdeme na Žďársku a Jihlavsku. Největším rybníkem Vysočiny je Velké Dářko (mapa) o rozloze přes 200 ha, který dnes slouží k chovu ryb a rekreaci. Mnoho menších rybníků na Žďársku najdeme i v povodí Oslavy. Na Jihlavsku je největší soustředění rybníků v okolí Telče, pro rekreaci je nejvíce využíván Velký pařezitý rybník (mapa).
Přehradní nádrže na Vysočině jsou využívány nejčastěji jako zásobárny pitné vody, na některých z nich jsou vybudovány i menší vodní elektrárny. Jako zdroj vody pro jadernou elektrárnu Dukovany byla postavena na řece Jihlavě vodní nádrž Dalešice (mapa), která má nejvyšší hráz v Česku o výšce 100 m. Zdejší přečerpávací vodní elektrárna je napojena na sousední vyrovnávací nádrž Mohelno (mapa).
Vodní nádrž Švihov (mapa) zasahuje do kraje Vysočina pouze okrajově na severu, je však hlavní zásobárnou vody pro Prahu. Zásobárnou pitné vody pro brněnskou aglomeraci i města Vysočiny je Vírská přehrada (mapa) na řece Svratce.