Reliéf Vysočiny je charakteristický plochými hřbety a úvalovitými údolími. Průměrná nadmořská výška se pohybuje okolo 500 m n. m. Oblast kraje Vysočina patří do geomorfologické provincie Česká vysočina a subprovincie Česko-moravské.
Křižanovská vrchovina zaujímá největší část Vysočiny. Vytváří oblouk, který začíná na jihu, táhne se přes střed a končí na východě kraje. Nejvyšším vrcholem je Harusův kopec (mapa) s výškou 741 m n. m. Pro Křižanovskou vrchovinu je charakteristický mírně zvlněný reliéf a rozsáhlé plošiny s hluboce zaříznutými údolími některých řek, například Oslavy a Jihlavy.
Javořická vrchovina zasahuje na území Vysočiny jen malou částí - Jihlavskými vrchy. Zde se nachází nejvyšší bod kraje Vysočina, Javořice (mapa), s nadmořskou výškou 837 m. Vrchol je ukryt v jehličnatých lesích, a proto neposkytuje žádný výhled do okolní krajiny. Nepřehlédnutelná je však zdejší vysoká televizní věž.
Západní část Vysočiny vyplňuje Křemešnická vrchovina. Její nejvyšší bod Křemešník (mapa) dosahuje výšky 765 m n. m. V severozápadní části kraje najdeme Hornosázavskou pahorkatinu a na sever Vysočiny zasahují velmi malou částí Železné hory.
Hornosvratecká vrchovina v severovýchodní části kraje se vyznačuje, zejména v údolí řeky Svratky, velmi členitým reliéfem s hlubokými údolími. Severní část Hornosvratecké vrchoviny zaujímají Žďárské vrchy. Najdeme zde mnoho rulových skalních útvarů modelovaných mrazovým zvětráváním, nejvyšším je vrchol Devět skal (mapa) s nadmořskou výškou 836 m.
Jihovýchod kraje vyplňuje Jevišovická pahorkatina. Mírně zvlněný reliéf je proříznut hlubokými údolími řek Jihlavy, Oslavy a Rokytné. Místo, kde řeka Jihlava opouští území kraje (239 m n. m.), je nejníže položeným bodem v kraji Vysočina.
Výše uvedené geomorfologické celky tvoří dohromady oblast Českomoravské vrchoviny.
Geografové vypočítali, že na území Kraje Vysočina u obce Číhošť leží geografický střed České republiky.