Zemědělsky nejpříznivější oblastí Vysočiny je okres Třebíč s nejvyšším podílem orné půdy. V tomto regionu na jihovýchodě Vysočiny je nejtepleji a převažují tu úrodné hnědozemě. Většina území kraje leží v mírně teplé podnebné oblasti s dostatkem srážek. Nejvíce jsou zde rozšířeny hnědé půdy vhodné pro pěstování méně náročných plodin. Nejméně vhodná pro zemědělství je oblast Žďárských a Jihlavských vrchů, kde je nejchladnější a nejvlhčí klima a málo úrodné půdy.
Na Vysočině představuje zemědělství tradiční odvětví, podíl zaměstnaných v primárním sektoru je nejvyšší v rámci krajů a více jak dvojnásobný ve srovnání s Českem.
Zemědělská půda tvoří asi 60 % rozlohy kraje a jedná se o největší podíl v rámci krajů. Největší část zemědělské půdy tvoří orná půda (77 %), na louky a pastviny připadá necelých 20 %. Největší procento zornění je v okrese Třebíč, nejnižší v okrese Žďár nad Sázavou.
Necelou polovinu osevních ploch na Vysočině zaujímají obiloviny, především pšenice a ječmen, ve vyšších polohách v menší míře i žito (asi pětina produkce Česka).
Dlouhou tradici má na Vysočině pěstování brambor, zejména v okresech Pelhřimov a Havlíčkův Brod. Přestože osevní plochy brambor výrazně poklesly, pochází více než třetina všech sklizených brambor v Česku z Vysočiny.
Významné je také pěstování pícnin (zejména kukuřice na zeleno a siláž) a řepky (18 % celkové výměry osevních ploch).
Hlavním odvětvím živočišné výroby je chov skotu. I přes velký pokles stavů skotu v 90. letech 20. století se na Vysočině chová asi 16 % z celkového počtu kusů skotu v České republice. V souvislosti s významným zastoupením chovu skotu dominuje Kraj Vysočina v produkci mléka. Kraj Vysočina je na 1. místě v produkci mléka mezi kraji Česka, jeho podíl na celkové produkci mléka v ČR činí asi 19 %.
Významný je i chov prasat s asi 20% podílem na celkových stavech v Česku (zde dominuje okres Třebíč, který má nejlepší podmínky pro produkci krmných obilovin). Méně významný je pro Vysočinu chov drůbeže, jejíž stavy klesají.