Současné struktuře zpracovatelského průmyslu na Vysočině dominuje automotive, kde je zaměstnáno nejvíce pracovníků. Dalšími významnými odvětvími jsou kovozpracující, strojírenský a potravinářský průmysl. V kraji je asi 40 průmyslových zón, nejvíce jich vzniklo v okolí dálnice D1. Především zahraniční firmy zde vybudovaly nové průmyslové závody.
Největším zaměstnavatelem v Kraji Vysočina je strojírenská firma BOSCH POWERTRAIN (mapa, více) se sídlem v Jihlavě, jejímž hlavním výrobním programem jsou čerpadla pro dieselové motory. Zaměstnává asi 4 000 pracovníků.
Významným producentem automobilových součástek je také Marelli Automotive Lightning (výroba osvětlovacích zařízení do automobilů) (mapa). Výrobou automobilových součástek se zabývá řada dalších průmyslových závodů Kraje Vysočina, např. Futuba Czech v Havlíčkově Brodě, Valeo Compressor Europe v Pelhřimově, ITW PRONOVIA ve Velké Bíteši nebo Cooper-Standard Automotive ČR ve Žďáru nad Sázavou.
Druhým největším podnikem (asi 2 000 zaměstnanců) Kraje Vysočina je výrobce zemědělské techniky, firma AGROSTROJ (mapa, více) se sídlem v Pelhřimově.
Společnost ŽĎAS (mapa, více) ve Žďáru nad Sázavou je s téměř 1,5 tis. zaměstnanci největší ve žďárském okrese, zaměřuje se především na slévárenskou výrobu a zpracování kovů (lisy, hydraulika odlitky). V kovoprůmyslu vyniká také společnost Wera Werk se sídlem v Bystřici nad Pernštejnem, která se zaměřuje na výrobu nářadí.
Největší oděvní firmou je společnost PLEAS (mapa, více) se sídlem v Havlíčkově Brodě a pobočkami v dalších městech Vysočiny.
Potravinářskému průmyslu dominuje zpracování masa a mléka. Největším potravinářským podnikem Vysočiny je masokombinát Kostelecké uzeniny v Kostelci u Jihlavy (mapa, více). Celorepublikový význam má také sýrárna v Želetavě (zdejší zrací sklepy jsou největší ve střední Evropě) a mlékárna v Přibyslavi (pribináčky).
Mezi nejvíce zisková odvětví průmyslu na Vysočině patří dřevozpracující průmysl. Firma Kronospan (mapa, více) je největší výrobce dřevotřískových desek v Česku, je však také největším znečišťovatelem ovzduší v Jihlavě.
Crystalite Bohemia navazuje na staletou tradici sklářské výroby ve Světlé nad Sázavou, kde vyrábí nápojové a dekorační sklo pro hotely, restaurace i domácnosti.