Nejvyšší samosprávný orgán kraje je zastupitelstvo se čtyřletým funkčním obdobím. V Kraji Vysočina má 45 členů. Zastupitelstvo schvaluje rozpočet, volí a odvolává hejtmana i ostatní členy rady kraje, schvaluje nakládání s nemovitým majetkem, schvaluje rozvojové koncepce, rozhoduje o zřízení a zrušení příspěvkových organizací včetně středních škol.
Rada kraje má v Kraji Vysočina 9 členů. Tvoří ji hejtman, náměstci hejtmana a další členové rady. Zabezpečuje hospodaření podle schváleného rozpočtu, stanovuje počet zaměstnanců krajského úřadu, vyřizuje připomínky obcí a řadu další agendy.
Hejtmanem Kraje Vysočina je Martin Kukla. Zastupuje navenek kraj, řídí radu kraje, podepisuje právní předpisy kraje, se souhlasem ministra vnitra jmenuje a odvolává ředitele úřadu.
Znak Kraje Vysočina je představován čtverečným štítem, v jehož prvním poli je moravská orlice (symbolizuje moravskou zemskou příslušnost východní části Vysočiny).
Druhé pole je symbolizováno červeným ježkem (symbol krajského města Vysočiny Jihlavy).
Na třetím poli jsou znázorněny červené jeřabiny na zelené větvi (jeřáb jako typický strom Vysočiny vyjadřuje nezdolnost a prostou krásu regionu).
Ve čtvrtém poli je znázorněn český lev (symbolizuje českou zemskou příslušnost západní části Vysočiny).