Við skipulag kennslu er haft að leiðarljósi að mæta námsþörfum nemenda, að þeir tileinki sér þekkingu, leikni og jákvætt viðhorf og öðlist þá hæfni sem stefnt er að í námi. Lögð er áhersla á að koma til móts við nemendur á forsendum hvers og eins. Viðfangsefni og verkefni eru valin af kostgæfni, hæfilega krefjandi til að gera öllum nemendum kleift að ná hámarks námsárangri. Í Giljaskóla er unnið er að því að flétta grunnþættina sex inn í allt skólastarfið. Í Giljaskóla er markvisst reynt að stuðla að samvinnu nemenda. Nemendum er gerð grein fyrir viðfangsefnum og markmiðum þeirra og leiðum til að uppfylla þau. Á grundvelli sameiginlegra gilda sköpum við hvetjandi námsumhverfi þar sem notaðar eru fjölbreyttar náms- og kennsluaðferðir.