Qendra ka si mision që nëpërmjet kërkimit, të sigurojë dhe të shpërndajë informacion shkencor mbi florën dhe faunën, të ushtrojë aktivitet mësimor-edukativ në këto fusha dhe të kontribuojë në ruajtjen e biodiversitetit në Shqipëri. 

• Të jetë qendra kryesore e kërkimit në fushat e studimit të faunës, florës dhe vegjetacionit, si një bazë për ruajtjen dhe përdorimin e qëndrueshëm të këtyre burimeve të rëndësishme natyrore të Shqipërisë;

• Të administrojë dhe të pasurojë vazhdimisht koleksionet shkencore të florës dhe faunës shqiptare, siç janë Herbari Kombëtar,  Muzeu i Shkencave të Natyrës dhe Kopshti Botanik, si dokumenta të përhershme të shumëllojshmërisë bimore dhe shtazore të Shqipërisë, dhe si një burim për kërkime në këto fusha, për të siguruar autenticitetin shkencor të këtyre institucioneve;

• Të jetë pikë fokale dhe të luajë një rol parësor në menaxhimin e bazës së të dhënave kombëtare floristike dhe faunistike, për të përfaqësuar dhe për të promovuar Shqipërinë në shkallë ndërkombëtare në këtë drejtim;

• Të ushtrojë veprimtari në fushën e kërkimit, të mësimit dhe edukimit, në përputhje me objektivat dhe programet e Qendrës dhe në bashkëpunim të ngushtë me Departamentin e Biologjisë, Departamentin e Bioteknologjisë dhe me Institucione të tjera shkencore;

• Të sigurojë që të dy aspektet, kërkimor dhe mësimor-edukativ, të mbështësin njëri tjetrin duke i shtuar vlerat Qendrës, në shërbim të kërkuesve, studentëve dhe publikut të gjerë, dhe

• Të maksimalizojë përfitimet që rrjedhin nga përdorimi i cilësive intelektuale të Qendrës.