U ngrit më 1947 pranë sektorit shkencor të botanikës të Institutit të Shkencave. Eshtë pasuruar  me një punë të gjatë e sistematike kërkimore në terren nga ana e botanistëve Xh. Qosja, I. Mitrushi, M. Demiri, dhe botanisteve pasues me te rinj Jani Vangjeli, Alfred Mullaj, Babi Ruci, Lefter Kashta (për florën detare e ujore në përgjithësi) etj.,  të drejtuar nga Prof. Kolë Paparisto. Përfshin një fond mjaft të pasur me mbi 3000 lloje, kryesisht bimë enësore, të përfaqësuara nga rreth 150.000 ekzemplarë, me të dhëna apo një database ku perfshihen: emri shkencor i taksonit, sinonimi, emri popullor, familja, vendndodhja, areali ne Shqiperi, rrethi, substrati, zona fitoklimatike, elementi floristik, forma biologjike, kolektori, data e mbledhjes, duke përfaqësuar kështu një burim të dhënash dhe një kontribut për:

• Rritjen e nivelit të përgatitjes shkencore të pedagogëve dhe punonjësve shkencorë të biologjisë, studentëve etj., në fusha të tilla si: taksonomia, fitosociologjia, ruajtja e natyrës, kartografimin e habitateve natyrore bimore etj.

• Krijimin e mundësive për ruajtjen dhe përpunimin e të dhënave për t’ja transmetuar brezave pasardhës.

• Rrit mundësinë e bashkepunimit me Institucione shkencore që merren me problemet e florës, vleresimin e biodiversitetit, bimëve të rralla e të kërcënuara dhe specialistë te fushave te ndryshme, të tillë si:  botanistë, biologë,  pylltarë, farmacistë, punonjës kërkimorë dhe pedagogë të shkencave biologjike dhe çdo person që është interesuar për ruajtjen dhe shfrytëzimin e qëndrueshëm të  florës spontane të Shqipërisë.

Misioni:

• Studime dhe përgjithësime në shkallë kombëtare për gjendjen e resurseve bimore me anë të ekspeditave në terren, të pasurimit dhe mbajtjes në gjendje eficente të Herbarit Kombetar dhe të botimeve shkencore analitike dhe përgjithësuese. “Flora e Shqipërisë”, një vepër madhore me rëndësi kombëtare albanologjike në katër vëllime përfaqëson pikën kulmore të botimeve të shumta monografike me rezultate origjinale të realizuar nga punonjësit shkencorë të Herbarit Kombëtar.

• Studime dhe përgjithësime për zona të veçanta dhe në shkallë kombëtare në fushën e florës, vegjetacionit/habitateve dhe ekosistemeve natyrore si dhe kartografimit të habitateve apo taksoneve të veçanta bimore.

• Ekspertizë tekniko-shkencore për hartimin e rregulloreve, projekt-vendimeve dhe projekt-ligjeve në fushën e mbrojtjes së natyrës dhe biodiversiteit.

• Ekspertizë kombëtare dhe ndërkombëtare në lidhje me monitorimin e florës dhe habitateve të vendit.

Drejtimet e veprimtarisë së grupit të studimit dhe koleksionimit të florës spontane 

1.  Veprimtaria kërkimore

-   Studime dhe përgjithësime për zona të veçanta dhe në shkallë kombëtare në fushën e florës, vegjetacionit/habitateve dhe ekositemeve natyrore si dhe hartografimit të habitateve apo taksoneve të veçanta bimore.

-   Pasurimi dhe mirëmbajtja e koleksioneve të Herbarit Kombëtar.

-   Modernizimi i Herbarit Kombëtar (pasurimi i Bankës së të dhënave të florës shqiptare, krijimi i herbarit virtual nëpërmet digitalizimit të koleksioneve kryesore, kodifikimi i koleksioneve) si dhe vënia e tij në funksion të kërkuesve.

-   Krijimi i koleksionit të algave të ujërave të ëmbla

-   Krijimi i koleksionit të mikroalgave.

-   Pasurimi dhe mbajtja në efiçencë e Pavionit të Ksilotekës.

-   Zgjerim i studimeve mbi florën e ekosistemeve ujore.

-   Studime dhe përgjithësime për zona të veçanta dhe në shkallë kombëtare në fushën e florës, vegjetacionit/habitateve dhe ekositemeve natyrore si dhe hartografimit të habitateve apo taksoneve të veçanta bimore.

2.  Veprimaria në procesin mësimor

Stafi akademik i Herbarit Kombëtar ka një përvojë të gjatë dhe jep ndihmesë të çmuar në procesin mësimor, kryesisht pranë departamentit të Biologjisë dhe Departamentit të Bioteknologjisë (FSHN). Drejtim i rëndësishëm i veprimtarisë së tyre është përfshirja në ciklin e dytë dhe në ciklin e tretë të studimeve, nëpërmjet cikleve të leksioneve dhe udhëheqjes së diplomave dhe doktoraturave.

Angazhimi i deritanishëm ka qenë në:

• Kurse të plotë leksionesh (Biogjeografi, Gjeobotanikë, Ekologji bimore, Fitogjeografi)

• Cikle leksionesh (Biologji e ekosistemeve ujore, Algologji, Metodat e Studimit të vegjetacionit)

• Udhëheqje diplomash, Master dhe Doktoratura në fusha të tilla si:

-Flora, vegjetacioni dhe Biodiversiteti i Shqipërisë

-Speciet dhe habitatet e rralla dhe të kërcënuara

-Kartografimi i vegjetacionit

-Vlerësimi, mbrojtja dhe rehabilitimi i diversitetit biologjik

3.  Shërbime dhe këshillime

-   Ekspertizë tekniko-shkencore për hartimin e rregulloreve, projekt-vendimeve dhe      projekt-ligjeve në fushën e mbrojtjes së natyrës dhe biodiversiteit.

-   Ekspertizë kombëtare dhe ndërkombëtare në lidhje me monitorimin e florës dhe habitateve të vendit, në vlerësimin e impakteve dhe përmirësimin e tyre në projektet e mëdha infrastrukturore duke dhënë argumentet me racionalë për vendimmarrësit.

-       Të promovojë dhe zhvillojë kualifikime te vazhdueshme të stafit akademik duke krijuar vazhdimësi dhe qëndrueshmëri në cilësinë e stafit mësimdhënës.

-       Të organizojë dhe të marrë pjesë në kongrese dhe konferenca shkencore, seminare dhe workshope në fusha të mbrojtjes dhe menaxhimit të florës.

-       Të ofrojë ekspertizë dhe asistence teknike për organizatat publike dhe private brenda vendit dhe në rajon në fushën e mbrojtjes së florës.

-   Të ofrojë mendimin e specializuar dhe të kualifikuar të stafit të tij akademik dhe shkencor  nëpërmjet pjesëmarrjes aktive në borde, këshilla, grupe pune, reçenca, oponenca, etj duke forcuar lidhjet dhe bashkëpunimin me Ministrine e Mjedisit, organizmat e tjerë jofitimprurës, etj.

-       Pjesëmarrje në VNM (Vlerësim i Ndikimit në Mjedis për biodiversitetin).

4.  Botime

•       Flora e Shqipërisë, vëllimi nr.1 (1988), nr.2 (1992), nr.3 (1996), nr.4 (2000).

•       Fjalori i Emrave të Bimëve. Tiranë - Prishtinë, 2003

•       Fjalori i Terminologjisë së Botanikës. Tiranë-Prishtinë, 2006

•       Atlas Flora Europea, vol. 1-12 ( Distribution of vascular plants in Europe), Helsinki

•       Libri i Kuq.(Bimët e kërcënuara dhe të rralla të Shqipërisë), 1995

•       Pyjet e Virgjër të Shqipërisë (Vëzhgim ekologjik), 1997

•       Libri i Kuq.(Bimët e kërcënuara dhe të rralla të Shqiperise), 2006 (varianti elektronik)

•       Speciet invazive të Shqipërisë. 2006

•       Flora e Korçës, 1985

•       Vegjetacioni dhe Flora e Shqipërisë Juglindore, 1979

•       Studimi gjeobotanik i rrobullit (Pinus leucodermus) në Shqipëri, 1982

•       Vegjetacioni bregdetar i Shqipërisë, 1989

•       Konsiderata mbi bimësinë dhe Florën e rrethit të Shkodrës, 1995

•       Libri i Kuq. Bimë, shoqërime bimore dhe kafshë të rrezikuara - Tiranë, 1997.

•       Udhëzues për vleresimin mjedisor të punimeve në rrugët pyjore. Tiranë,1999.

•       Strategjia dhe Plani i Veprimit për Biodiversitetin. Tiranë ,1999.

•       Implications of Climatic Changes on the Albanian Coast.UNEP, Athens,1996

•       The First National Communication of Albania to the United Nations  Framework Convention on Climate Change (UNFCCC). UNDP Albania, Tirana, July, 2002

•       Riviera. Guidë Botanike. Tiranë , 2003

•       Indikatorët Kombëtarë për Monitorimin e Mjedisit. Tiranë, 2005, Qendra Rajonale e Mjedisit (REC) për Europën Qendrore dhe Lindore, Projekti REReP 1.8.

•       Inventari i ligatinave të Shqipërisë. Greek biotope/Wetland centre – Ecat Tirana, Dhjetor 2003

•       Vleresime citologjike floristike dhe molekulare të disa specieve endemike, të rralla, të rrezikuara të Florës Shqiptare. Tiranë, 2006

•       Livadhet nënujore detare – Mushkëritë e gjelbra të Mesdheut. Tiranë 2005