Rektor är den som leder och skapar riktlinjer för elevhälsoarbetet. Rektor deltar som en profession i elevhälsoteamet och ansvarar för det systematiska kvalitetsarbetet där det ingår att ansvara för enhetens och den samlade elevhälsans utvecklingsarbete.
Rektor har det övergripande ansvaret för resursfördelningen inom enheten. Rektor håller sig informerad om elevgruppers och enskilda elevers behov. Kommunen har som rutin att det oftast är rektor som beslutar om anmälningar till socialtjänsten och informerar föräldrar i de fall då information skall ges. Vidare beslutar rektor kring utredning av elevs behov av särskilt stöd, upprättande av åtgärdsprogram, anpassad studiegång, individanpassat program etc.