Secuenciacion de ADN
Requerimientos Secuenciacion Sanger
Producto PCR Purificado
Volumen mínimo 15 µl de producto PCR previamente purificado y disuelto en agua, a una concentración mínima de 15 ng/µl.
Producto PCR
sin purificar
Opcionalmente, el servicio propone purificar el producto PCR. Volumen mínimo 30 µl de producto PCR de banda única en un tubo de 1.5 ml.
El volumen depende de la intensidad que se observe en el gel de agarosa, a menor intensidad mayor volumen de muestra para purificar.
Los partidores deben venir a concentración de 5 µM y en un volumen de acuerdo con el número de muestras a secuenciar en un mismo locus (mínimo de 5 µl es requerido, alcanzando para 3 reacciones). Deben enviar una alicuota con CADA envío
ADN Plasmidial
Volumen mínimo de 15 µl de muestra en agua a una concentración mínima de 40ng/µl.
El servicio mantiene en stock partidores que se encuentran detallados más abajo.
En el caso de no estar en la lista , el partidor debe venir a 10 µM y con un volumen mínimo de 5 µl. (Alcanza para 3 reacciones).
Condiciones y Terminos
El servicio cuantifica todas las muestras en un espectrofotómetro Nanodrop y utiliza los parámetros 280:260 y 260:230 como índices de calidad. Una muestra limpia debería tener ambos parámetros entre 1.8–2.0. Parámetros fuera de este rango afectan fuertemente la calidad de la secuenciación, en particular el largo de la secuencia obtenida.
Es responsabilidad de los usuarios entregar un producto PCR único, sin amplificaciones inespecíficas, así como partidores en cantidad y calidad suficiente, e información completa y correcta respecto a las condiciones de PCR en el formulario de solicitud de servicio.
Partidores del servicio
PRODUCTOS DE PCR
LCO1490 5` - GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG – 3`
HCO2198 5` - TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA – 3`
ITS1 5` - TCCGTAGGTGAACCTGCGG – 3`
ITS2 5` - GCTGCGTTCTTCATCGATGC – 3`
ITS3 5` - GCATCGATGAAGAACGCAGC – 3`
ITS4 5` - TCCTCCGCTTATTGATATGC – 3`
ITS5 5` - GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG – 3`
27F 5` - AGAGTTTGATCMTGGCTCAG – 3`
1492R 5` - TACGGYTACCTTGTTACGACTT – 3`
8F 5` - AGAGTTTGATCCTGGCTCAG – 3`
337F 5` - GACTCCTACGGGAGGCWGCAG – 3`
907R 5` - CCGTCAATTCMTTTRAGTTT – 3`
1100R 5` - GGGTTGCGCTCGTTG – 3`
518F 5` - CCAGCAGCCGCGGTAATACG – 3`
PLÁSMIDOS
M13F(-20) 5`- GTAAAACGACGGCCAGT - 3`
M13R(-20) 5`- GCGGATAACAATTTCACACAGG - 3`
M13F-pUC(-40) 5`- GTTTTCCCAGTCACGAC - 3`
M13R-pUC(-40) 5`- CAGGAAACAGCTATGAC – 3`
T7 F 5`- AATACGACTCACTATAG – 3`
T7 Promoter 5` - TAATACGACTCACTATAGGG – 3`
T7 terminator 5`- GCTAGTTATTGCTCAGCGG – 3`
T3 5` - ATTAACCCTCACTAAAG – 3`
SP6 5` - ATTTAGGTGACACTATAG – 3`
BGH-rev 5` - CTAGAAGGCACAGTCGAGGC – 3`
CMV-for 5` - CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG – 3`
GLprimer1 5` - TGTATCTTATGGTACTGTAACTG – 3`
GLprimer2 5` - CTTTATGTTTTTGGCGTCTTCC – 3`
pBAD Forward 5` - ATGCCATAGCATTTTTATCC – 3`
pBAD Reverse 5` - GATTTAATCTGTATCAGG – 3`
RVprimer3 5` - CTAGCAAAATAGGCTGTCCC – 3`
RVprimer4 5` - GACGATAGTCATGCCCCGCG – 3`
EGFP-C 5` - ATGGTCCTGCTGGAGTTC – 3`
EGFP-N 5` - CGTCGCCGTCCAGCTCGACCAG – 3`
pGEX5 5` - GGCAAGCCACGTTTGGTG – 3`
pGEX3 5` - GGAGCTGCATGTGTCAGAGG – 3`
Tarifas
SECUENCIACION $ 4.000 + IVA / MUESTRA PURIFICADA
PURIFICACION (opcional) $ 1.000 + IVA /MUESTRA
SECUENCIACION ≥96 $ 3.200 + IVA / MUESTRA PURIFICADA
Entrega de Resultados
El tiempo de entrega de resultados es de 4 días hábiles, si no existen problemas con la muestra o el partidor. Cualquier problema detectado demorará la entrega sobre el plazo establecido.
Los archivos se entregan en 3 formatos: .ab1, .seq y .php. Para visualizar los archivos existen varios programas de edición de secuencias disponibles gratis en la web.
En caso de un resultado de baja calidad, es posible repetir el proceso de secuenciación, asumiendo un error en el funcionamiento del equipo y/o en el proceso de PCR de secuenciación. Esta opción se ofrece siempre cuando los ADN entregados presenten parámetros de cantidad y calidad aceptables y la información entregada (en particular temperatura de annealing de los partidores) sea correcta.