Espectrometría de masas Software

Compass DataAnalysis 4.4

Es el software basico para visualizar y analizar en primera instancia los resultados obtenidos con el espectrometro de masa QTOF. Permite revisar manualmente los espectros, recalibrar los resultados, generar cromatogramas, identificar compuestos, entre otras funciones.

Al recibir sus resultados por primera vez, enviamos el instalador de este programa junto a su manual para que puedan ver sus resultados

PROTEOMICA

Sequence Editor 3.2

Este programa se combina con BioTools para realizar proteomica dirigida. Con la secuencia FASTA de su proteina de interés, este programa permite agregar modificaciones post-traduccionales, crear nuevas, y asignarlas a uno o multiples sitios en la secuencia de interés.

Una vez logrado esto, el programa realizar la digestión teórica de la secuencia, la cual es enviada a comparación con los resultados que tiene BioTools.

BioTools 3.2

BioTools utiliza ciertos formatos de datos, particularmente los datos que genera DataAnalysis como los compuestos identificados en formato MGF (Mascot Generic File). Permite visualizar cobertura y resultados e identificaciones MS/MS de cada compuesto detectado, y tambien permite enviar resultados al sitio web de Mascot para compararlos con base de datos.

METABOLOMICA

Metaboscape 4.0

Software enfocado en metabolómica no-dirigida (untargeted) que identifica y agrupa señales de acuerdo a sus aductos y usando bases de datos, permite la identificación de metabolitos, realizar estadística y llevar los resultados hacia redes metabólicas de acuerdo al tratamiento utilizado.

SOFTWARE LIBRE

Esta es una lista de softwares que se puede instalar en cualquier computador , o bien, visualizar en cualquier navegador para analizar resultados de espectrometria de masas. Al comienzo dejo enlaces para programas que sirven de forma general y al final se encuentra una lista de softwares especificos para proteomica o metabolómica

ProteoWizard

El programa que permite convertir datos crudos que vienen en formato cerrado, en formatos abiertos como mzML, mgf, etc. para verlos en otros programas. Se puede bajar gratuitamente desde http://proteowizard.sourceforge.net/

BatMass

Programa del 2016 que permite visualizar datos LC-MS/MS de forma gratuita, con instaladores para Windows, Mac y Linux. Basado en Java. Se puede descargar desde https://batmass.org

MZ Mine

Programa enfocado en visualizacion y analisis de archivos LC-MS. Esta escrito en Java, es gratuito y entrega instaladores para Windows, Mac y Linux. Se puede descargar desde http://mzmine.github.io