Preparación y Envío de Muestras
ANTES DE ENVIAR UNA MUESTRA...
Favor contactarse con el encargado a espectro.masas@bio.puc.cl para discutir la preparacion de la muestra y coordinar fecha y hora de entrega
METABOLOMICA
Generalidades
Para estudios metabolómicos, lo ideal es congelar rápidamente la muestra de interés. Esto permite tener una imagen mas fidedigna del estado del metabolismo celular al momento de obtenerla. Se recomienda detener el metabolismo con Nitrógeno Liquido, pero seria aceptable dejarla en -80°C. El envío de muestras es recomendable hacerlo con hielo seco. En caso que no fuese posible conseguirlo, se puede enviar la muestra liofilizada o seca para hacer la extracción en la Unidad. También pueden enviar los extractos en frío.
Como forma de normalización, si se envían varias muestras, lo ideal es enviar la misma cantidad (miligramos o celulas), o bien hacer la extraccion de metabolitos desde masas similares, para que la comparacion de resultados entre muestras sea mas directa.
Cultivo Celular
Enviar pellet de células con la menor cantidad de liquido posible
Enviar entre 1e6 a 1e7 células
Evitar la tripsina si busca hacer análisis de proteínas/péptidos.
Si se usa tripsina, lavar el pellet 3 veces antes de guardar a -80°C
Tejido Duro
En tejidos duros, se recomienda moler la muestra usando un homogeneizador, o bien usando mortero y nitrogeno liquido.
Enviar desde 50mg de tejido.
Idealmente sobre 100mg
Guardar a -80°C
Suero/ Plasma Sanguineo
Para plasma, ideal utilizar tubos con EDTA
Alicuotar en tubos enfriados
Volumen mínimo: 200 uL
Volumen ideal: 500 uL
Tejido Blando
Enviar desde 50mg de tejido. Idealmente sobre los 100mg
Guardar a -80°C
Orina
Alicuotar 1 mL
Guardar a -80°C
PROTEOMICA
Existen diversos kits de preparación de muestras para proteómica (Un ejemplo) que se pueden encontrar y comprar en línea.
Si no tienes algun protocolo para extraer proteinas de tus celulas, escribe a espectro.masas@bio.puc.cl para ayudarte.
Muestras en geles
En lo posible, para analisis LC-MS, usar geles prehechos, o bien, crear todas las soluciones con Agua Tipo 1 (milliQ) y con reactivos de alta pureza. Eso corre para las soluciones de acrilamida y los buffer de corrida).
Sobre las tinciones, solo usar aquellas que sean compatibles con espectrometría de masas. De manera general, la tinción de Coomassie coloidal suele encontrarse en esa categoría y puede hacerse en laboratorio o comprarla hecha.
Usar guantes y mascarilla todo el proceso de hacer las soluciones y el gel, para evitar contaminacion con keratina.
Se puede enviar el gel completo con un poco de buffer para que no se deshidrate envuelto en film plastico en frio, o bien, se pueden extraer las bandas de interés con un bisturí y enviarlas en un tubo de 1.5mL
Muestras en solución
La presencia de sales (y que estan presentes en la mayoria de las soluciones para biologia molecular) altera o suprime los resultados de espectrometría de masas.
Antes de enviar la muestra, pueden usar un concentrador para realizar el desalting y sacar el exceso de sales.
Necesitamos 1ug/uL para obtener resultados, y un volumen mínimo de 80 uL aproximadamente para que el autosampler del cromatografo liquido pueda obtener la muestra e inyectar a la columna .
Envío de Muestra
Metabólomica
Idealmente la muestra sea congelada con nitrogeno liquido en un "flash-freeze" para detener toda actividad metabolica y evitar la degradación de las moleculas.
Es aceptable colocar la muestra inmediatamente en -80°C, pero no lo ideal
Enviar muestra en hielo seco si se realiza con courier
Opcionalmente, se puede usar un cooler de -20°C para venir a entregar la muestra de forma presencial
Proteómica
Si la muestra debe ser enviada por courier, ideal si puedan disminuir su volumen con centrifugacion al vacio (speedvac) y enviarla con hielo seco en caso de muestras liquidas.
Si es muestra liofilizada, se puede enviar a RT o en pack frio.
Si pueden entregar la muestra presencialmente, podemos realizar el paso de speedvac en nuestro servicio. Pueden traer la muestra en hielo si es fresca para evitar ciclos de congelado-descongelado.