הנקבה נחצבה על ידי שתי קבוצות חוצבים, שיצאו זו לקראת זו משני צִדי עיר דוד, האחת מצפון-מזרח והשנייה מדרום-מערב. נקודת המפגש בין הקבוצות זוהתה בוודאות במחצית הדרך בקירוב, על פי תוואי הנקבה וסימני החציבה. בנקודה מדויקת זו מעל פני השטח הוצב שלט הדרכה עבור המטיילים בעיר דוד, ובו תקציר סיפורה של הנקבה שמתחת לרגליהם.בעשרת המטרים האחרונים שלפני נקודה זו ואחריה ניכרת חציבה "פרועה" יחסית, בהשוואה לסיתות האלגנטי האופייני לשאר חלקי הנקבה. נראה כי לאחר שהחוצבים שמעו אלה את אלה, הם החלו לחצוב במהירות לקראת המפגש המיוחל, מבלי לתת דעתם לסדר ולצורה. בעת המפגש התברר גם כי רצפת הקטע הדרומי גבוהה ב-30 ס"מ מזו של הקטע הצפוני; דבר זה נלמד מסיתות הרצפה ותחתית הקירות בקטע זה, המאופיין בקווים גסים ולא אחידים, לעומת הגימור האיכותי של התקרה וראשי הקירות באותו מקום. נראה אפוא שהקבוצה הדרומית פילסה את הרצפה במהירות, כדי להתאימה לגובה הרצוי. תופעה נוספת המעידה על טעותם של החוצבים היא התרוממות גובה התקרה ליותר מחמישה מטרים לקראת סוף תוואי הנקבה. השערת החוקרים היא שהקבוצה הדרומית החלה לחצוב בנקודה גבוהה מדי, ולאחר שנפגשה עם הקבוצה הצפונית התבררה הטעות, והיא נאלצה להנמיך באופן משמעותי את רצפת הנקבה בחלק הזה.[5] הקושי בטענה זו הוא שאילו התקדמה הקבוצה הדרומית בנקודה כה גבוהה ביחס לקבוצה הצפונית, היא לא הייתה מצליחה כלל להיפגש עם הקבוצה השנייה, עקב הפרש המפלסים המשמעותי ביניהן.
כך או כך, רק לאחר חיבור שני חלקי הנקבה ופילוסם יחד נחצב קטע קצר אחרון, שחיבר את המערכת למערת הנביעה של המעיין, שאם לא כן היו המים שוטפים את החוצבים ומפריעים לעבודתם. הקבוצה הצפונית החלה אפוא את מלאכתה דרך תעלה קצרה, שנחצבה בתחתית בריכה כנענית סמוכה (חלק ממערכת 'פיר וורן'), ודרכה אף העבירו מעט מים במהלך החציבה, כדי לבחון את שיפוע הרצפה.[6]
אחת התעלומות הגדולות של חציבת נקבת השילוח היא בעיית האִוורור עבור החוצבים. בחציבת מנהרות בתקופות מאוחרות יותר מקובל היה לחצוב פירים אנכיים במרחקים קבועים מפני השטח אל המנהרה הנחצבת, שדרכם הוכנסו אור ואוויר והוצא חומר החציבה.[7] נקבת השילוח, לעומת זאת, נחצבה ללא פירים כאלה (מלבד אחד בחלק הדרומי), והחוקרים אינם יודעים כיצד נחצבה לאורך מאות מטרים, ללא אספקת אוויר, ותוך שימוש באמצעי תאורה הגוזלים חמצן.[8] ניכר, אפוא, כי חציבת נקבת השילוח הייתה פרויקט הנדסי מורכב מאין כמוהו, ולא פלא שהתרגשות החוצבים עם השלמתו הייתה רבה, ואף הונצחה בכתובת שהותירו אחריהם.