L’any 1965 el municipi de Martorell va rebre una subvenció important per les inundacions que hi va haver l’any 1962. En aquell moment era Alcalde el Sr. Josep Bonastre Mestres i l’Ajuntament estava sensibilitzat per la creació de serveis destinats a la població, específicament als malalts, els avis i als nens i nenes amb dificultats.
Aquesta subvenció va representar el primer impuls per la construcció d'aquest projecte. També es van rebre ajuts d'altres organismes públics de l’època i el 9 de novembre de 1969 es va inaugurar el Centre Comarcal Sanitari Assistencial, l’Hospital Comarcal, la Residencia d'avis i l’Escola d'Educació Especial Mare de Déu del Pontarró. L’origen d'aquest nom ve d'una Mare de Déu de talla gòtica que diuen va ser trobada a Martorell, a prop d'un petit pont de fusta que hi havia al raval del Pontarró.
Al principi, aquesta va ser la primera Escola Publica d’Educació Especial que es va crear a Catalunya, depenent del MEC. En aquella època, a tot Espanya només n’hi havia una altra d’aquestes característiques, ubicada a Sevilla. Els mestres eren funcionaris del MEC i l’Ajuntament, mitjançant un Patronat, es feia càrrec dels especialistes necessaris pel fet de ser escola d'educació especial: educadores, logopeda, psicòleg, pedagog, fisioterapeuta, metge rehabilitador, psiquiatra... que també realitzaven serveis externs de rehabilitació i de psicopedagogia.
Durant la transició política (1978-1980) i el traspàs de competències a la Generalitat es van anar regulant els diferents serveis: el Departament d'Educació de la Generalitat es va fer càrrec de l’escola i dels seus especialistes i l’Ajuntament de Martorell es va fer càrrec del Taller Ocupacional i del Centre Municipal de Rehabilitació i Salut Mental.
El primer director de l’escola va ser el Sr. Jordi Balcells i Gené amb una amplia formació en el camp de l’educació especial, a qui se li va encarregar el Projecte Pedagògic de l’Escola basat en una Pedagogia Integral Vivenciada. Va quedar recollit en una pel·lícula que es va gravar a l’escola i que reflectia amb molta claredat la metodologia de treball que se seguia amb els alumnes. A l’any 1971 es va presentar l’experiència al Congrés Mundial d'Educació Especial a Sevilla, i al III Congrés de Comunicació Humana a Barcelona. Sobre aquesta metodologia també es va publicar el llibre “Para una Pedagogia Integral Vivenciada”, que va tenir gran difusió a tot el territori Espanyol i a Europa, especialment a Bèlgica.
Aquesta va ser una bona llavor pedagògica i al llarg d'aquests anys l’escola s’ha adaptat a les necessitats dels alumnes, sempre tenint en compte les directrius institucionals. Son molts els projectes que s’han dut a terme. En volem anomenar alguns aspectes que donen una identitat pròpia al Centre:
Aplicació de la pedagogia operatòria a través dels projectes de taller.
Aprenentatge de la lecto-escriptura amb mètodes de rètols i logotips homologats.
El taller de cuina com a globalitzador de les diferents àrees d’aprenentatge.
Diverses experiències d'integració i d'inclusió des de fa temps i actualment la proposta d'Escola Compartida amb alumnes d’Infantil, Primària i Secundària.
L’activitat de natació adaptada, s’ha realitzat a la Piscina Municipal des dels primers anys.
Eixos de treball com la psicomotricitat, que permet l’expressivitat i la vivència global del cos, i la música com a catalitzador emocional.
La teràpia assistida amb animals: fa mes de 10 anys que duu a terme hipoteràpia i s’ha fet alguna experiència amb gossos d'assistència.
Les estratègies educatives per l’atenció dels alumnes amb TGD.
La integració dels Sistemes Augmentatius i Alternatius de Comunicació dins de la dinàmica habitual del centre (en tenim un exemple en la retolació de l’escola, amb Llengua de Signes i pictogrames d'ARASAAC).
La cafeteria Junior i el projecte de Bugaderia, en relació a la Transició a la Vida Adulta i la Integració Laboral dels alumnes mes grans a partir d'una proposta de diversificació curricular.
A l’estiu del 2008 es trasllada l’escola a un nou edifici a l’Avda de Can Casas, 70 i es modifica el nom pel de CEE El Pontarró, per tal de mantenir l'origen del nom i del centre però sense connotacions religioses.
Volem recordar i agrair a tots els alumnes, famílies i professionals que han passat per l’escola, per què entre tots hem fet possible aquest llarg recorregut de creixement i d'aprenentatges conjunts.