Кафедра історії України
Кафедра всесвітньої історії і міжнародних відносин
Кафедра культури, методики навчання історії та спеціальних історичних дисциплін
Лабораторії і дослідницькі центри
Науково-практичний центр європейських студій
Навчально-методична лабораторія "Inspiration Club"
Українсько-балтійський центр
Центр дослідження повсякденності
Навчально-наукова лабораторія з етнології Поділля
Науково-навчальна лабораторія з історії та етнології Східного Поділля
Центр етнографічних студій
Центр усноісторичних студій
Центр археологічних досліджень
Центр краєзнавства
Музей археології Вінниччини
Центр Віннецезнавства
Гурток з міжнародних відносин