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IJ-PlugIn

RadiomicsJ

IJ Plugin（Windows, Linux）

Pluginファイル

plugins>jarsへ、.jar拡張子のファイルをコピーします。

plugins>Examplesへ、My_RadiomicsJPlugin.classファイルをコピーします。

ImageJを再起動します。

GitHub

https://github.com/tatsunidas/RadiomicsJ

現在、頻繁にアップデートを行っております。コンパイル済みのJarは、Releasesに、適宜、追加をしてゆきますので、何卒、ご容赦のほど、お願い申し上げます。特に、テクスチャ解析は、計算の元となる確率分布なども見れるようにしていきます。

How to

インプット：グレースケール画像（8,16,32 bits）、マスク画像
アウトプット：CSV
2D, 3D処理に対応しています。スライスごとの解析、スタックごとの解析の両方に対応できます。
2D-Meshは非対応ですが、Shape2D特徴として、ピクセルカウントベースの解析結果を取得できます。
テクスチャ特徴の計算に必要なパラメータ（alpha=0, delta=1）は基本的な設定になっています。変更して解析をしたい場合は、別にマクロを組む必要があります。
マスクラベルの値は1～255の値に対応しています。デフォルトは１です。マスク画像のピクセル値に合わせて変更してください（例えば、マスク領域が255の場合は、マスクラベルを255として計算実行します）。
モルフォロジカル特徴のうち、Moran's I index、Geary's C measure はデフォルト設定から除外されています。計算時間がかかるためです。必要な場合は、activate_no_default_featuresをTrueにしてください。
IBSIリファレンスマニュアルで推奨されていない、あるいは、参考値のない特徴は基本的に非実装です（AUC-IVHなど、実装があるものもあります）。

Radiomics Features

It calculates 170 features or more.

Morphological features :

VolumeMesh

VolumeVoxelCounting

SurfaceAreaMesh

SurfaceToVolumeRatio

Compactness

SphericalDisproportion

Sphericity

Asphericity

CentreOfMassShift

Maximum3DDiameter

MajorAxisLength

MinorAxisLength

LeastAxisLength

Elongation

Flatness

VolumeDensity_AxisAlignedBoundingBox

AreaDensity_AxisAlignedBoundingBox

VolumeDensity_ApproximateEnclosingEllipsoid

AreaDensity_ApproximateEnclosingEllipsoid

VolumeDensity_ConvexHull

AreaDensity_ConvexHull

IntegratedIntensity

MoransIIndex

GearysCMeasure

IntensityBasedStatistics features

Mean

Variance

Skewness

Kurtosis

Median

Minimum

Percentile10

Percentile90

Maximum

Interquartile

Range

MeanAbsoluteDeviation

RobustMeanAbsoluteDeviation

MedianAbsoluteDeviation

CoefficientOfVariation

QuartileCoefficientOfDispersion

Energy, 567.0

RootMeanSquared

TotalEnergy*

StandardDeviation*

StandardError*

IntensityHistogram features

MeanDiscretisedIntensity

Variance

Skewness

Kurtosis

Median

Minimum

Percentile10

Percentile90

Maximum

Mode

Interquartile

Range

MeanAbsoluteDeviation

RobustMeanAbsoluteDeviation

MedianAbsoluteDeviation

CoefficientOfVariation

QuartileCoefficientOfDispersion

Entropy

Uniformity

MaximumHistogramGradient

MaximumHistogramGradientIntensity

MinimumHistogramGradient

MinimumHistogramGradientIntensity

IntensityVolumeHistogram features

VolumeAtIntensityFraction10

VolumeAtIntensityFraction90

IntensityAtVolumeFraction10

IntensityAtVolumeFraction90

VolumeFractionDifferenceBetweenIntensityFractions

IntensityFractionDifferenceBetweenVolumeFractions

GLCM features

JointMaximum

JointAverage

JointVariance

JointEntropy

DifferenceAverage

DifferenceVariance

DifferenceEntropy

SumAverage

SumVariance

SumEntropy

AngularSecondMoment

Contrast

Dissimilarity

InverseDifference

NormalizedInverseDifference

InverseDifferenceMoment

NormalizedInverseDifferenceMoment

InverseVariance

Correlation

Autocorrection

ClusterTendency

ClusterShade

ClusterProminence

InformationalMeasureOfCorrelation1

InformationalMeasureOfCorrelation2

GLRLM features

ShortRunEmphasis

LongRunEmphasis

LowGrayLevelRunEmphasis

HighGrayLevelRunEmphasis

ShortRunLowGrayLevelEmphasis

ShortRunHighGrayLevelEmphasis

LongRunLowGrayLevelEmphasis

LongRunHighGrayLevelEmphasis

GrayLevelNonUniformity

GrayLevelNonUniformityNormalized

RunLengthNonUniformity

RunLengthNonUniformityNormalized

RunPercentage

GrayLevelVariance

RunLengthVariance

RunEntropy

GLSZM features

SmallZoneEmphasis

LargeZoneEmphasis

LowGrayLevelZoneEmphasis

HighGrayLevelZoneEmphasis

SmallZoneLowGrayLevelEmphasis

SmallZoneHighGrayLevelEmphasis

LargeZoneLowGrayLevelEmphasis

LargeZoneHighGrayLevelEmphasis

GrayLevelNonUniformity

GrayLevelNonUniformityNormalized

SizeZoneNonUniformity

SizeZoneNonUniformityNormalized

ZonePercentage

GrayLevelVariance

ZoneSizeVariance

ZoneSizeEntropy

GLDZM features

SmallDistanceEmphasis

LargeDistanceEmphasis

LowGrayLevelZoneEmphasis

HighGrayLevelZoneEmphasis

SmallDistanceLowGrayLevelEmphasis

SmallDistanceHighGrayLevelEmphasis

LargeDistanceLowGrayLevelEmphasis

LargeDistanceHighGrayLevelEmphasis

GrayLevelNonUniformity

GrayLevelNonUniformityNormalized

ZoneDistanceNonUniformity

ZoneDistanceNonUniformityNormalized

ZonePercentage

GrayLevelVariance

ZoneDistanceVariance

ZoneDistanceEntropy

NGTDM features

Coarseness

Contrast

Busyness

Complexity

Strength

NGLDM features

LowDependenceEmphasis

HighDependenceEmphasis

LowGrayLevelCountEmphasis

HighGrayLevelCountEmphasis

LowDependenceLowGrayLevelEmphasis

LowDependenceHighGrayLevelEmphasis

HighDependenceLowGrayLevelEmphasis

HighDependenceHighGrayLevelEmphasis

GrayLevelNonUniformity

GrayLevelNonUniformityNormalized

DependenceCountNonUniformity

DependenceCountNonUniformityNormalized

GrayLevelVariance

DependenceCountVariance

DependenceCountEntropy

DependenceCountEnergy

Fractal features

Capacity*

References

European Society of Radiology (ESR). ESR Statement on the Validation of Imaging Biomarkers. Insights Imaging 11, 76 (2020). https://doi.org/10.1186/s13244-020-00872-9
ESR: Biomarkers Inventory, https://www.myesr.org/research/biomarkers-inventory
Image Biomarker Standardisation Initiative: https://theibsi.github.io/
Zwanenburg, Alex et al. “The Image Biomarker Standardization Initiative: Standardized Quantitative Radiomics for High-Throughput Image-based Phenotyping.” Radiology vol. 295,2 (2020): 328-338. doi:10.1148/radiol.2020191145

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