Los clubs son lugares situados en Akademi High School. Aún no han sido completamente implementados. La mayoría de los estudiantes de Akademi High School son miembros de un club específico y se destinarán a sus respectivos clubs después de la escuela. El jugador puede unirse a un determinado club a partir de la actualización del 1 de febrero del 2016.
Diez clubs están planeados a partir de noviembre de 2015. Si la escuela tiene 100 alumnos, pueden haber quince clubs con cinco personas por club, y veinticinco estudiantes sin club.
Los clubs afectan el comportamiento de la persona y, en el juego completo, sus capacidades. Por ejemplo, los miembros del Club de Ocultismo pueden ir a su salón de reuniones como parte de su rutina y los miembros del Club de Deportes pueden correr más rápido que otros estudiantes.
Los clubs estarán poblados en su mayoría por estudiantes con personalidades apropiadas para su club.
Para unirse a un club, el jugador primero tiene que hablar con el líder del club. Este siempre lleva un brazalete rojo en el brazo izquierdo. No se puede unir a dos clubes a la vez o tratar de unirse a un club que han dejado previamente. El jugador debe unirse cuando el líder del club esté de pie en su posición en su propia sala del club.
Ya que los accesorios se utilizan principalmente para identificar en que club está Yandere-chan, podría ser una opción que en el futuro el jugador pueda desactivar los accesorios visibles.
Unirse al club de una rival no hará que algo nuevo sea desbloqueado.
CLUB DE COCINA
Amai Odayaka es la presidenta de este club, siendo también la segunda rival del modo historia. Shoku Tsuburaya, Kenko Suboyaka, Seiyo Akanishi, Ajia Ashitomi y Saki Miyu están en el club también.
La función de este club era poder incriminar a Kokona Haruka de un asesinato, tomando el cuchillo que Kokona acababa de utilizar y asesinar a alguien con los guantes puestos. La policía encontraría las huellas dactilares de Kokona y la arrestarían inmediatamente.
El beneficio del club es poder cocinar y ofrecerle los bocadillos a los estudiantes. Con este acto, tu reputación subirá más fácil y decaerá menos al ser vista realizando algo sospechoso.
Su diseño es controversial, debido a que se usa el color rosa en casi toda la sala, incitando a un estereotipo sexista muy conocido. Muchos estudiantes poseen cuchillos para este club por lo que son capaces de obtener los cuchillos desde aquí.
CLUB DE DRAMA
Kizana Sunobu es la presidenta del club, siendo también la tercera rival del modo historia. Tsuruzo Yamazaki, Shozo Kurosawa, Riku Soma, Tokuko Kitagawa y Kokona Haruka están en el club también.
El beneficio tendrá que ver con tener un acceso fácil a las máscaras y a los guantes. Las máscaras servirán para ocultar la identidad de Yandere-chan y los guantes para no dejar huellas digitales en armas homicidas y poder inculpar a una rival.
Las máscaras, que en las versiones antiguas estaban en la pared de la escuela, son una referencia a Hata no Kokoro, del juego "Touhou Shinkirou ~ Hopleless Masquerade".
CLUB DE ARTE
Geiju Tsuka es el presidente de este club. Borupen Saishiki, Enpitsu Byoga, Maka Tansei y Efude Nurimono están en el club también.
El beneficio del club es poder caminar por el colegio con el uniforme manchado de sangre sin que tu reputación decaiga, ya que los estudiantes pensarán que son manchas de pintura roja.
Entre otros clubs, cada cual con un beneficio diferente, asi que el jugador puede escoger cual desea