Diferentes grupos indígenas ocupavam o que hoje forma o estado de Mato Grosso. Em Cuiabá, além dos Guaicurus, Coxiponés, Paiaguás e Bororos foram extintos em batalhas ou dispersos pelos conflitos com bandeirantes.

A chegada dos primeiros bandeirantes paulistas na região onde hoje fica a cidade data de 1673 e 1682, quando a passagem de Manoel de Campos Bicudo resultou na fundação do primeiro povoado, batizado de São Gonçalo Beira-Rio, local onde o rio Coxipó deságua no rio Cuiabá.