日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究 (A)
ナノ電子プローブ実・逆空間走査による統合データ駆動型材料物性解析
分担者（代表者：武藤俊介 教授）, 令和3年度〜令和6年度
東北大学 電気通信研究所 共同プロジェクト
研究課題A. プロジェクト研究（萌芽的研究支援型・先端的研究推進型）
（共同研究者：大塚朋廣 准教授）
実験・理論・データ科学の融合による量子技術の研究
代表者, 令和3年度
日本学術振興会 科学研究費補助金 学術変革領域研究 (A) 計画研究班
研究領域名「超秩序構造が創造する物性科学」
数理情報科学に基づく超秩序構造の網羅的解析
代表者, 2020/11/19〜2025/3/31
日本学術振興会 科学研究費補助金 学術変革領域研究 (A) 総括班
研究領域名「超秩序構造が創造する物性科学」
超秩序構造科学のプラットフォームの構築による総括と研究支援
分担者（代表者：林好一 教授）, 2020/11/19〜2025/3/31
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究 (B)
情報科学・理論･実験の融合によるネットワークガラスの高次多体相関解析
代表者, 令和2年度〜4年度
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究 (B)
AIを導入したマテリアルズインフォマティクスによる巨大光吸収半導体の開発
研究分担者（代表者：藤原裕之 教授）, 令和1年度〜4年度
京都大学 化学研究所
共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究
バイオ情報学分野（共同研究者：馬見塚拓 教授）
生物ネットワーク構造の局所構造変化の網羅的解析
代表者, 平成31年度
東北大学 電気通信研究所 共同プロジェクト
研究課題A. プロジェクト研究（若手研究者対象型、萌芽的研究支援型）
（共同研究者：大塚朋廣 准教授）
量子デバイスと情報科学アプローチの融合に関する研究
代表者, 平成30年度〜令和2年度
京都大学 化学研究所
共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究
バイオ情報学分野（共同研究者：馬見塚拓 教授）
ゲノムの多様な補助情報を用いるためのスパース正則化学習
代表者, 平成29年度
科学技術振興機構 (JST) 戦略的創造研究推進事業（さきがけ）
研究領域「理論・実験・計算科学とデータ科学が連携・融合した先進的マテリアルズインフォマティクスのための基盤技術の構築」
課題名「物質・材料の微細構造計測におけるインフォマティクス技術の開拓」
代表者, 平成28年度〜31年度
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究 (B)
複数データセットの効率的統合に基づく機械学習法
代表者, 平成28年度〜31年度
日本学術振興会 科学研究費補助金 新学術領域研究
「ナノ構造情報のフロンティア開拓 ー 材料科学の新展開」（計画研究）
材料インフォマティクスに適した機械学習法の開拓
分担者（代表者：津田宏治 教授）, 平成28年度〜29年度
京都大学 化学研究所
共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究
バイオ情報学分野（共同研究者：馬見塚拓 教授）
多様な補助情報を用いた生体分子間相互作用の解析
代表者, 平成28年度
科学技術振興機構 戦略的創 研究推進事業 ACCEL
濃厚ポリマーブラシのレジリエンシー強化とトライボロジー応用
計算科学・馬見塚グループメンバー(代表:辻井 敬亘 教授・京都大学), 平成27年10月-平成32年3月.
岐阜大学 活性化経費（研究グループ形成支援）
岐阜大学11m電波望遠鏡における水分子スペクトル観測システムの開発
分担者（代表：須藤広志 助教）, 平成27年度
岐阜大学 活性化経費(若手研究支援)
補助情報を用いる効率的かつ高速な統計的機械学習法
代表者, 平成27年度
公益財団法人 豊田理化学研究所 豊田理研スカラー 研究助成
補助情報を用いるテンソル因子化法における雑音モデルの一般化
代表者, 平成27年度
九州大学 生体防御医学研究所 共同研究課題
ゲノミクス・エピゲノミクス分野（共同研究者：佐藤哲也 助教）
エピゲノム変化追跡アルゴリズムの開発
代表者, 平成27年度
京都大学 化学研究所
共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究
バイオ情報学分野（共同研究者：馬見塚拓教授）
統計的機械学習法に基づく生物情報解析法の開発
代表者, 平成27年度
日本学術振興会 科学研究費補助金 新学術領域研究
「ナノ構造情報のフロンティア開拓 ー 材料科学の新展開」（公募研究）
材料設計における効率的スクリーニングのための機械学習法
代表者（連携研究者：桑原彰秀 博士）, 平成26年度〜27年度
日本学術振興会 科学研究費補助金 若手研究 (B)
多様な補助知識を利用する高速な統計的機械学習アルゴリズム
代表者, 平成25年度〜27年度
京都大学 化学研究所
共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究
バイオ情報学分野（共同研究者：馬見塚拓教授）
外的な生物学的知識を用いる バイオインフォマティクス法
代表者, 平成26年度
公益財団法人 大川情報通信基金
2012年度 研究助成 人工知能分野
多様な同時計測データセットの同時クラスタ解析法の開発
代表者, 平成25年度
九州大学 生体防御医学研究所 共同研究課題
ゲノミクス・エピゲノミクス分野（共同研究者：佐藤哲也 助教）
遺伝子転写制御メカニズム解明のためのデータマイニング法の開発
代表者, 平成25年度〜26年度
京都大学 化学研究所
共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究
バイオ情報学分野（共同研究者：馬見塚拓教授）
パーソナライズド医療のための生物データの同時クラスタ解析法の開発
代表者, 平成24〜25年度
文部科学省 科学研究費補助金 若手研究 (B)
生物ネットワーク構造に基づく統合的データマイニング手法の構築
代表者, 平成20年度〜21年度
科学技術振興機構(JST) バイオインフォマティクス推進センター(BIRD)
創造的な生物・情報知識融合型の研究開発,
生命科学上の非構造化データの統合マイニング,
分担者,（代表：馬見塚拓 教授）, 平成19年10月-平成22年9月
井上科学振興財団
国際研究集会への出席旅費,
代表者, 国際会議IJCNN2005への旅費補助, 平成17年.