Защитная функция мониторинга предполагает, что мониторинг обеспечивает защиту окружающей среды, здоровья населения и других общественных благ.    В рамках защитной функции мониторинг выполняет следующие задачи: выявление источников загрязнения, оценка влияния загрязнения на окружающую среду и здоровье человека, разработка мер по предотвращению и снижению негативного воздействия на окружающую среду.