Rinkai Hackathon 2017

実習の目的

Rinkai(臨海)での研究の新しい可能性をhack(ハック)するための第１回のイベントとして、「臨海実験所で生物を採集し、DNA抽出から配列解読、配列解析まで、その場でどこまでできるのか？」を体験します。具体的には、最近急成長を遂げている第３世代型・ポータブルシーケンサーであるOxford Nanopore minIONを用いたwhole genome shutgun/genome resequencingを用いた実習を行う予定です。minIONでどの程度の量と精度のデータが、どれくらいの時間で得られ、どの程度の精度で解析が可能なのか、一緒に体験しましょう。これらシーケンス実習を行うと同時に、実習期間中には、技術の進展によっては変わらない古典的な生物学の知識や思考体系とは何であるかを参加者で議論します。

２泊３日の合宿イベントを通じて、分野を超えた人的交流を進めるのも目的の一つです。臨海実験所に馴染みがない人、大規模データ解析には馴染みのない人、そういった人たちや所属研究室にそのようなノウハウがない人にほど、参加して欲しいと希望しています。とくに生命情報科学分野と動物学諸分野から、広く参加者を募集します。

応募方法

Registrationページに必要事項を入力してください

募集人数

２０名程度

(応募多数の場合は、registrationに書いていただいたモチベーションを元に、運営委員で選考を行います)

参加資格

大学院生、またはポスドク

所属機関・研究室から参加の許可を得られること

次世代シーケンスの解析経験は問いませんが、データ解析は全員参加です

学研災、学研賠等の課外活動に関する怪我や賠償責任を補償する保険 (クレジットカード付帯保険などそれに類するものでも可)に加入していること - 後ほど確認します。学研災等の保険は数百円程度の金額で、各大学等生協で簡単に加入できます。加入方法がわからない場合は、"問い合わせページ"からRinkaiHack2017運営委員(担当:川島)に問い合わせてください。

希望者によるシーケンスしたい研究対象 (精製済みDNA) の持ち込みを検討しています。必要量はページ下のサンプル持ち込み時の最低収量・純度を参照してください。応募者多数の場合は選考を行います。

開催場所

お茶の水女子大学 湾岸生物教育研究センター (館山臨海実験所)

〒294-0301 千葉県館山市香11

Tel: 0470-29-0838

開催日時

学生向け実習期間：申請による参加者は上記三日間（6/13-15）は参加必須とします。

２０１７年６月１３日(火) ー１５日(木) (希望者は前後泊が可能ですのでregistrationページから申し出てください。)

ハッカソン期間：運営委員は前泊の12日と延泊の16日を合わせ５日間を通しての開催となります。

２０１７年６月１２日(月) ー１６日(金)

持ち物

２泊３日に必要な衣類

＊館山臨海実験所は教育研究機関です。タオル・歯ブラシ等のアメニティは提供されませんので、必ず持参してください

＊なお、館山臨海から徒歩５分のところにコンビニエンス・ストアーがあります

宿泊場所

宿泊は館山臨海実験所に併設の宿泊施設です。男女は別で、3-4名で一部屋を相部屋で宿泊していただきます。特別な事情で、別途個別にホテル等を取りたい場合は、徒歩圏内の旅館がありますが、この場合はあらかじめ"問い合わせページ"からRinkaiHack2017運営委員(担当:川島)にご連絡ください。

予算

食費¥1,760 (内訳; 朝食¥360x2, 昼食¥420x1, 夕食¥560x1)

懇親会費¥1,500

合計¥3,260を予定

- 【追加】前泊の場合は+３食¥1,340、後泊の場合は+３食¥1,340になります

宿泊費、実習室利用料、実習費は徴収しません

各参加者からの地元名産品、地酒等の持ち込みを歓迎します

集合日、解散日の昼食は賄いがつきませんので、各自対応してください (前泊・後泊の方は人数が多いので賄い対応します)

移動経路

自家用車での来所は、駐車場のスペース等の理由からできるだけ控え、公共交通機関をご利用ください。自家用車の利用を希望する場合は、あらかじめご連絡ください。

東京駅八重洲南口から高速バス房総なのはな号(要予約)館山駅下車、または JR 内房線で館山駅。JR バス (西岬方面)で約15分、「長通り」下車、徒歩1分。

東京駅八重洲口10:20発の「なのはな」バスに乗ると、直通で「長通り」12:30下車、13:00開始に間に合います。「ファミリーオ館山」の次の駅が「長通り」です。「なのはな」バスを利用することをお勧めします。

横浜、羽田空港、君津からもバスが運行しています。

詳しくはお茶の水女子大学館山臨海実験所のHPをご覧ください。

http://www.cf.ocha.ac.jp/marine/index.html

注意事項

臨海実験所の構造上、実習生2~4人のshared room (和室)になります

予習用リンク (余裕のある人用)

Oxford Nanoporeのリンク

Oxford Nanopore公式HP

https://nanoporetech.com

Oxford Nanopore現在のラインナップ

https://store.nanoporetech.com

Youtube Oxford Nanopore official

https://www.youtube.com/channel/UC5yMlYjHSgFfZ37LYq-dzig

Oxford Nanopore official Twitter @nanopore

https://twitter.com/nanopore

長鎖DNA抽出・精製のtip

https://f1000research.com/slides/6-226

Nanopore alignement tool紹介

https://nanoporetech.com/publications/tags/alignment

Hybrid assembly software (Illumina+long read)

http://schatzlab.cshl.edu/presentations/2015/2015.02.28.AGBT%20Nanocorr%20Assembly.pdf

Target speciesの情報

ヒドラ Hydra

グリーンヒドラ系統（H. viridissima：ゲノムサイズ 約380Mb)とブラウンヒドラ系統（vulgaris、oligactis、braueriグループ：ゲノムサイズ 1Gb～）の比較を有力視する。H. viridissima、H.magnipapillata（vulgarisグループ）ゲノムはシーケンス・アッセンブル済み。系統間のトランスポゾンの違いとそのゲノムサイズへの寄与に注目することを目指す。

Chapman et al. The dynamic genome of Hydra. Nature. 2010 Mar 25;464(7288):592-6. doi:10.1038/nature08830. Epub 2010 Mar 14. PubMed PMID: 20228792; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20228792

TransposonについてFig1. http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7288/fig_tab/nature08830_F1.html

Kawaida H, Ohba K, Koutake Y, Shimizu H, Tachida H, Kobayakawa Y. Symbiosis between hydra and chlorella: molecular phylogenetic analysis and experimental study provide insight into its origin and evolution. Mol Phylogenet Evol. 2013 Mar;66(3):906-14. doi: 10.1016/j.ympev.2012.11.018. Epub 2012 Dec 4. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23219706

Schwentner M, Bosch TC. Revisiting the age, evolutionary history and species level diversity of the genus Hydra (Cnidaria: Hydrozoa).Mol Phylogenet Evol. 2015 Oct;91:41-55. doi: 10.1016/j.ympev.2015.05.013. Epub 2015 May 23. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26014206

Ishikawa M, Shimizu H, Nozawa M, Ikeo K, Gojobori T. Two-step evolution of endosymbiosis between hydra and algae. Mol Phylogenet Evol. 2016 Oct;103:19-25. doi: 10.1016/j.ympev.2016.07.010. Epub 2016 Jul 9. PubMed PMID: 27404042. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27404042

Technau U, Schwaiger M. Recent advances in genomics and transcriptomics of cnidarians. Mar Genomics. 2015 Dec;24 Pt 2:131-8. doi: 10.1016/j.margen.2015.09.007. Epub 2015 Oct 1. Review. PubMed PMID: 26421490. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26421490

サンプル持ち込み時の最低収量・純度

30~50ng/ul以上, OD260/280 >1.8, OD260/230比 >1.8

最低でも200ngの精製長鎖DNA

参加・運営メンバー

運営委員

川島武士 かわしまたけし (遺伝研)

吉田真明 よしだまさあき (島根大隠岐臨海)

濱田麻友子 はまだまゆこ (岡山大牛窓臨海)

運営アドバイザー

守野孔明 もりの よしあき (筑波大)

宮本教生 みやもと のりお (JAMSTEC)

瀬々潤 せせじゅん (産総研)

工樂樹洋 くらくしげひろ (Riken)

田川訓史 たがわくにふみ (広島大向島)

河野暢明 こうののぶあき (慶應大学山形)

Simakov Oleg おーれぐ しまこふ (ウィーン大学)

渡邉寛 わたなべひろし (OIST)

清本正人 きよもとまさと (お茶の水大館山臨海) 共同開催

由良敬 ゆらけい (お茶の水大) 共同開催

協力

JSBi (日本バイオインフォマティクス学会)

Oxford Nanopore

全国国立大学臨海・臨湖実験所所長会議・議長推薦

開催アンケート (全員必須)

初日 (自己紹介と参加した目的, 5行程度）

二日目の夜 (参加目的の達成度, 10行程度）

三日目の帰る前 (全体の感想, 5行程度）

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