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基因、基因體

NCBI、NCBI Genome、NCBI OMIM (人類遺傳學)、NCBI SNP、UCSC Genome

蛋白質

UniProt (蛋白質)、RCSB PDB (蛋白質結構)、PhosphoSitePlus (蛋白質修飾: 磷酸化)

代謝、蛋白質交互作用

KEGG(蛋白質,疾病,藥物,分子)、STRING (蛋白質網絡)、HMDB (人體代謝)

藥物、化合物檢索

DRUGBANK (藥物)、PharmGKB (藥物基因體學)、 TCM database (台灣中醫藥資料庫)、PubChem (化合物)

分子結構瀏覽器

Discovery Studio Visualizer(蛋白質3D)、PyMol(蛋白質3D，線上使用教學)

蛋白質結構預測、藥物配接預測

SWISS-MODEL (蛋白質結構預測)、PATCHDOCK (藥物或小分子與蛋白質作用，線上教學)

核酸、蛋白質序列比對分析

Clustal X 軟體下載 (Alignment :說明教學請上 一顆藥的始末第8集Alignment)

毒理、毒物代謝預測

SMARTCyp (Cyt P450作用位置)

其他

台灣藥品臨床試驗資訊網、ClinicalTrials.gov、藥學共筆