Otra de las evidencias que muestran el origen del pueblo gitano es la genética, dado que los estudios realizados en personas gitanas de diferentes procedencias han mostrado que en torno al 50% de los cromosomas y el ADN mitocondrial pertenecen al haplogrupo hombre H y al haplogrupo mujer M, presentando rasgos genéticos poco comunes en los no gitanos, pero sí comunes en Asia del Sur y Asia Central. Se recogieron muestras de ADN masculinas, que son las que contienen el cromosoma Y, y se analizaron 17 marcadores genéticos a lo largo de este cromosoma, que eran los marcadores STR, es decir, lugares del cromosoma que presentan variaciones en algunos motivos en concreto. Los cromosomas que presentaban repeticiones parecidas en los 17 marcadores analizados pertenecían a unos linajes concretos.
La mitad de los cromosomas analizados pertenecen al linaje J2a1b que es un linaje muy frecuente en poblaciones de Oriente Medio y en el Este de Europa, y su presencia en la población gitana en la península ibérica nos indica que seguramente estos linajes han llegado a través de la diáspora desde los Balcanes. Otros linajes presentes en los voluntarios gitanos analizados son los linajes I2a y J1 que también son frecuentes en poblaciones del Este de Europa. Paralelamente observamos que en la muestra analizada un 15% de los cromosomas Y (9 voluntarios) pertenecen al linaje R1b, que como se ha expuesto anteriormente es típico de poblaciones de la Europa Occidental.