Tras la caída del régimen, los sandinistas establecieron una Junta de Gobierno de Reconstrucción Nacional, que asumió el poder e inició un ambicioso proceso de transformación económica y social. Entre sus primeras medidas estuvieron la nacionalización de la banca, la reforma agraria y programas de alfabetización y salud pública, que inicialmente contaron con cierto apoyo internacional, incluyendo el de EE. UU.

Sin embargo, las relaciones con Washington se deterioraron rápidamente. El gobierno del presidente Ronald Reagan acusó al FSLN de colaborar con movimientos guerrilleros en El Salvador y adoptó una política de bloqueo económico a Nicaragua desde 1981. Paralelamente, comenzó a financiar y entrenar a fuerzas contrarrevolucionarias conocidas como la Contra, compuestas en su mayoría por exguardias somocistas y opositores al sandinismo.

La guerra civil entre el gobierno sandinista y la Contra causó miles de muertes y enormes daños sociales y económicos. A pesar del conflicto, en noviembre de 1984 se celebraron elecciones generales, en las que el líder del FSLN, Daniel Ortega Saavedra, fue elegido presidente con una amplia mayoría. No obstante, en 1985, Ortega declaró el estado de emergencia, suspendiendo temporalmente varias libertades civiles ante la creciente presión interna y externa.

Los primeros pasos hacia la paz se dieron en marzo de 1988, cuando el gobierno sandinista y la Contra acordaron una tregua. Finalmente, en febrero de 1989, se firmó un acuerdo en Costa del Sol, El Salvador, entre los cinco presidentes centroamericanos. Este pacto estableció el desarme de la Contra, reformas políticas y la convocatoria a elecciones libres para el año siguiente.