Los primeros pobladores de Centroamérica llegaron del norte. Los Maya-Quiché ocuparon Yucatán, Chiapas y Guatemala, los Nahoas el valle de Anahuac, y también llegaron los Caribisis y Chibchas. Los Caribisis fueron desalojados por los Mayas, Quichés y Chorotegas. 

Inicialmente, eran nómadas que vivían de la caza, pesca y recolección, pero luego se volvieron sedentarios al aprender a cultivar maíz y frijoles. Tenían creencias religiosas centradas en los dioses y realizaban sacrificios humanos.

En Nicaragua, el hallazgo más importante fue en Zelaya, donde se encontraron restos indígenas de más de 7,000 años. También destacan las Huellas de Acahualinca, con asentamientos de más de 6,000 años. 

Se conocen asentamientos desde el 4000 a.C., como lo confirma Acahualinca y hallazgos en la isla de Zapatera. A la llegada de los españoles, había pueblos indígenas en Rivas, Ometepe y otras zonas cercanas a los lagos de Granada y Managua. La población indígena era de unos 600,000 habitantes, pero la conquista redujo ese número a 24,000 en menos de 40 años.

Las tribus que habitaban Nicaragua eran: Nagrandanos, Matagalpas, Ramas, Dirianes, Chontales, Miskitos, Nicaraos y Zumos.