Contenidos:

Linux/Unix (comandos básicos), alineamientos de secuencias, filogenia y modelos matemáticos de evolución de secuencias, ensamble de genomas y anotación de genes, modelamiento molecular, validación de modelos de proteína y dinámica molecular de proteínas.

Descripción: 

El curso contempla clases expositivas y trabajos prácticos en computador. Se realizará una sesión por semana (3 horas presenciales + 8 horas no presenciales por semana).

Para la  evaluación  del curso se considerarán las siguientes actividades:  2 pruebas escritas (50%), pruebas de trabajo práctico de salida (10 min, 25%) y un trabajo final. El trabajo final consta de un escrito y de la presentación del mismo (25%). Para la realización de este trabajo, se le asignará a cada alumno un tema, sobre el cuál deberá  plantear una pregunta y una estrategia para resolverla, utilizando los contenidos analizados en el curso. El trabajo escrito debe tener no más de 5 páginas a espacio y medio con letra Arial, no inferior a 12 puntos (no incluye las referencias, las cuales deben escribirse en forma completa al final del texto). La entrega del escrito se realizará vía email o Ucursos y el plazo será definido en el programa del curso. El alumno que no presente el trabajo final reprobará automáticamente el curso. La asistencia a los trabajos prácticos es de 70%.

Objetivos docentes específicos:

• El curso busca familiarizar a los estudiantes de pregrado con metodologías basicas de bioinformática, para utilizarlas como herramientas en futuras investigaciones relacionadas con tesis o proyectos.

• Proporcionar conocimientos básicos en el uso de comandos en sistemas de Terminal Linux/Unix; como navegación por directorios, búsqueda de patrones, ejecución de script y compilación de software.

• Proporcionar los conceptos y herramientas básicas en el análisis y alineamientos de  de secuencias de ADN/ARN/Proteína. Además de metodologías y modelos matemáticos para el estudio evolutivo de secuencias.

• Proveer al alumno los conocimientos básicos de un proyecto genoma. Presentando los tipos de secuenciación NGS. La correcta selección de una estrategia de secuenciación dependiendo de la complejidad del genoma. La teoría de ensamble para la generación de un consenso, su posterior identificación de regiones y la respectiva anotación funcional.

• Proporcionar herramientas para el estudio de la relación estructura-función de proteínas mediante modelamiento molecular, interacción proteína-ligando, simulación molecular y la validación de modelos en proteína.

Requisitos:

Bioquímica aprobada (BA4211-1, BA4212-1 o BA4213-1). 

Carreras que pueden inscribir el curso:

Licenciatura en Ciencias, mención Biología. 

Ingeniería Biotecnología Molecular

Biología Ambiental.

Cupos:

Mínimo 4, máximo 10. 

De haber más de 10 postulantes, estos serán seleccionados por nota final en el curso de Bioquímica y avance en el plan de formación de la carrera. 

Horario: 

A convenir con los alumnos. 

Lugar de Clases Teóricas:

Laboratorio de Bioquímica y Biología Molecular.

Lugar de Trabajos Prácticos:

Sala de Computación de la Facultad de Ciencias.