・国立国会図書館デジタルコレクション（http://dl.ndl.go.jp/）
国立国会図書館所蔵の図書のうち古いものがデジタル化されています。古い本を探していると、「神戸大学の図書館に無い」や「社会科学系図書館にはあるけど人文学系図書館には無い」といった時、ここで検索すると案外ヒットします。PDFデータで全コマダウンロードができて便利です。
・市政専門図書館（後藤・安田記念東京都市研究所／旧東京市政調査会）（https://www.timr.or.jp/library/ ）
戦前から現在まで、都市問題・地方自治に関する様々な資料を所蔵。戦前の市町村が発行した調査資料など、多数の貴重な史料を所蔵しています。中山寛六郎文書・大森鐘一文書も所蔵。（まずは自分が研究したい地域の資料館・公立図書館を調べましょう。例えば神戸市文書館、大阪市立図書館など。）
・ディープライブラリー（https://dlib.jp/）
専門図書館、財団法人・省庁・博物館等の資料室等の蔵書を横断検索できます。
・国立公文書館デジタルアーカイブ（https://www.digital.archives.go.jp/）
国立 公文書館所蔵の公文書がデジタル化されています。日本近代史を専攻している人はよく使うサイトです。特に史料が少ない明治前期を研究する際には重宝します。
・アジア歴史資料センター（JACAR)（https://www.jacar.go.jp/）
主に国立公文書館、外務省外交史料館、防衛省防衛研究所の所蔵史料を検索・閲覧する際に用います。政治史・外交史・軍事史研究では大変有用です。
・日本外交文書デジタルコレクション（https://www.mofa.go.jp/mofaj/annai/honsho/shiryo/archives/index.html）
『日本外交文書』各巻のデジタル画像の閲覧・ダウンロードができます。外務本省と現地の大・公使との間で取り交わされた電報などが収録されています。相手国ごと、時系列順に排列。外交史の基本史料集です。対象時期は明治～昭和。
・戦史資料・戦史叢書検索（http://www.nids.mod.go.jp/military_history_search/CrossSearch）
防衛研究所の戦史資料データベース。アジア歴史資料センターでの検索と併用するとよいです。『戦史叢書』（満洲事変期～太平洋戦争期に関する公刊戦史）も閲覧できます。
・東京大学史料編纂所各種データベース（https://wwwap.hi.u-tokyo.ac.jp/ships/）
古文書・古記録類のデータベースです。『大日本史料』などの検索もできます。特に前近代史研究では便利。
・帝国議会会議録検索システム（http://teikokugikai-i.ndl.go.jp/）
帝国議会の議事速記録を閲覧できます。（全期、貴衆両院、本会議・委員会とも）
・新聞記事文庫（http://www.lib.kobe-u.ac.jp/sinbun/）
神戸大学経済経営研究所。戦前の新聞記事。地方紙や満洲で発行されていた邦字新聞を含む。
・日本法令索引〔明治前期編〕（http://dajokan.ndl.go.jp/SearchSys/index.pl）
国立国会図書館が運営しているデータベースの一つです。明治以降の法令をキーワード検索することが出来ます。法令名をクリックすると、「国立国会図書館デジタルコレクション」にデジタル化されている『法令全書』の該当コマにページが飛びます。それぞれの法令の改正過程が分かるのも便利です。
・日本法令索引（http://hourei.ndl.go.jp/SearchSys/）
明治前期以降（公文式以降）、現在に至るまでの法令索引はこちら。
・今昔マップ on the web（http://ktgis.net/kjmapw/）
三大都市圏や各地方の中心都市の明治以降の地形図を、時系列順に比較することができます。（収録されていない時期、地域もあります。）
・旧高旧領取調帳データベース（https://www.rekihaku.ac.jp/up-cgi/login.pl?p=param/kyud/db_param）
国立歴史民俗博物館が運営しているデータベースの一つです。幕末・維新期時点での近世村の石高や領主が分かります。旧国・郡・村のそれぞれのレベルで検索ができるので、かなり便利です。