В 1988 г. впервые в истории института его новый ректор был избран. Им стал Владимир Дмитриевич Муха, заслуженный деятель науки Российской Федерации, академик Российской академии естественных наук, Международных академий информатизации и аграрного образования, доктор сельскохозяйственных наук, профессор, почетный работник высшего образования Российской Федерации. Он родился в 1935 г. в с. Немал в Горном Алтае. В 1958 г. окончил с отличием Харьковский сельскохозяйственный институт им. В.В. Докучаева и начал трудовую деятельность в экспедиции по обследованию почв Украины. Работал техником-почвоведом, инженером-почвоведом, начальником почвенной партии. В 1960 г. переходит на педагогическую работу в Харьковский сельскохозяйственный институт на первую в мире кафедру почвоведения, созданную профессором В.В. Докучаевым. Здесь работает до 1982 г. ассистентом, доцентом, профессором, защищает кандидатскую (1966 г.) и докторскую (1979 г.) диссертации. В 1966-1970 гг. возглавляет кафедру почвоведения и агрохимии на агрономическом факультете Конакрийского политехнического института (Гвинея, Африка), ведет занятия и читает курс лекций по почвоведению с основами геологии на французском языке. С 1982 г. - заведующий кафедрой земледелия и почвоведения Полтавского сельскохозяйственного института.
В 1988 г. переезжает в г. Курск и приступает к работе в Курском сельскохозяйственном институте имени профессора И.И. Иванова как ректор, избранный по конкурсу на альтернативной основе коллективом института. За период научно-педагогической деятельности В. Д. Муха опубликовал более 200 работ, среди которых учебники и учебные пособия, монографии, лекции, научные статьи, изданные центральными издательствами (Программирование урожаев основных сельскохозяйственных культур. - К.: Выща школа, 1988; Агропочвоведение. - М.: Колос, 1994; Плодородие почв и устойчивость земледелия. - М.: Колос, 1995; Практикум по основам геологии. - Курск, 1998; Агрономия. - М.: Колос, 2001 и др.), подготовил семь докторов и семнадцать кандидатов наук, получил двенадцать авторских свидетельств на изобретения и диплом на научное открытие.
Им были установлены общие закономерности и зональные особенности современной эволюции почв, позволяющие выделить почвообразование в пахотных почвах как единый генетически самостоятельный естественно-антропогенный процесс; предложены показатели, отражающие интенсивность и направленность почвенных процессов и методы их определении; разработана генетическая классификация мантровых почв; введены новые научные понятия: агропедоценоз и биопедоценоз; создана научная школа, разрабатывающая проблему естественно-антропогенной эволюции почв и агроландшафтов, устойчивости земледелия.
С 1996 г. В.Д. Муха начал публиковать свои поэтические произведения под псевдонимом Владимир Чемальский; помимо выступлений в периодической печати издал три поэтических сборника: «Лирические этюды» (стихи, 1996 г.), «Откровения сердца» (стихи и поэмы, 1997 г.), «Всеобщая взаимосвязь» (стихи, 1999 г.), а также роман «Один» (2001 г.). Является членом Союза писателей России.
Муха В.Д. награжден орденом Дружбы и медалями. В 2000 г. за заслуги в развитии отечественной науки награжден почетным званием и золотым знаком РАЕН «Рыцарь науки и искусства», а имя его занесено в энциклопедию выдающихся ученых РАЕН.
Под руководством В.Д. Мухи институт качественно обновился: создана современная материально-техническая база, резко возросло количество дипломированных преподавателей - докторов наук, профессоров и кандидатов наук, доцентов, открыты новые специальности и факультеты, а также советы по защите докторских и кандидатских диссертаций, организованы типография и издательство, санаторий-профилакторий для студентов, построены жилой дом и общежитие для аспирантов и молодых специалистов и многое другое.