Terbentuknya wilayah Bengalon pada dasarnya tidak terlepas dari sejarah Kerajaan Kutai. Kata Bengalon sendiri berasal dari Bahasa India ‘Bungalow ‘ yang artinya rumah. Namun, karena dialeg masyarakat lokal yang tidak bisa menyebutkan kata Bungalow, maka wilayah ini lebih sering disebut dengan nama Bengalon.

Dulunya Daerah Bengalon dikenal dengan nama Kampung Sepaso. Sepaso sendiri merupakan tanah sumahan atau tanah sesembahan (jujuran atau mahar) dari Raja Kutai bernama Aji Batara Agung paduka Nira yang ingin meminang seorang putri bernama Putri Petung. Sepaso Sendiri berarti 3/4 kaleng tugalan yang artinya luas wilayah yang diberikan adalah seluas 3/4 kaleng tugalan.

Masyarakat Kampung Sepaso dulunya tinggal di Muara Sungai Bengalon, lalu pindah ke Kampung Gudang Dalam, dan sekitar tahun 1969 mulai menetap di Kampung Sepaso, tepatnya di desa yang saat ini menjadi pusat wilayah Desa Sepaso Selatan. Sejak Bengalon masih dikenal dengan nama Kampung Sepaso sistem kepemimpinan pada dasarnya sudah ada, namun memang sifatnya masih sangat sederhana dan tradisional.