Sesuai dengan data BPS Kutai Timur, karakteristik kewilayahan di Kecamatan Bengalon terdiri dari kawasan daratan hingga perbukitan dan gunung (karst) serta daerah dataran rendah berupa rawa hingga daerah pantai dan memiliki potensi sumberdaya alam yang cukup banyak diantaranya berupa bahan tambang dan kaya akan potensi hasil laut. Pada beberapa wilayah dilintasi oleh sungai dan anak sungai dengan sungai terbesar adalah Sungai Bengalon yang bersumber dari pengunungan karst dan bermuara ke Laut Sulawesi.
Selain sumberdaya alam yang ada di daratan dan laut, juga terdapat potensi lain yang belum tergali maksimal, diantaranya adalah kawasan Pantai Sekerat yang berada di Desa Sekerat juga kawasan karst dengan gua-gua yang kaya akan stalagtit dan stalagmite dan juga terdapat beberapa peninggalan masa prasejarah berupa lukisan tapak tangan, dan lain-lain. Sejak beberpa tahun terakhir, terutama di Pantai Sekerat juga ditetapkan menjadi salah satu kawasan yang khusus digunakan untuk mengadakan latihan tempur bagi TNI karena dinilai strategis yang berhadapan langsung dengan Laut Sulawesi dan sangat ideal sebagai tempat latihan tempur.
Keberadaan wilayah yang langsung berbatasan dengan kawasan laut turut mempengaruhi kondisi iklim di Kecamatan Bengalon dengan kondisi udara terasa panas karena dipengaruhi oleh angina laut ditambah dengan pembukaan hutan untuk areal perkebunan kelapa sawit dan pertambangan. Berdasarkan data BPS Kutai Timur Tahun 2013, curah hujan tertinggi di wilayah Kecamatan Bengalon terjadi pada bulan Januari sekitar 468 mm dan curah hujan terkecil pada periode Juni sekitar 64 mm, sedangkan jenis tanah terdiri dari tanah alluvial, brown forest ciil serta podsolik merah kuning. Secara geografis, Kecamatan Bengalon berbatasan langsung dengan Kecamatan Kaliorang di bagian utara, sebelah selatan dengan Kecamatan Sangatta Utara, bagian timur dengan Laut Sulawesi dan pada bagian barat berbatasan dengan Kecamatan Kong Beng.