NGS解析で用いるソフトウェアは、よく使うもの、source codeをコンパイル（開発者が作った呪文をコピペすること）する必要があるものなどは、AMIにインストールしておいた方が良いかも。コンパイル済みのbinaryファイル（ダウンロードしたらすぐ使えるもの）があるソフトウェアは都度落としてきた方が安上がりで良いかも。
なんでもかんでもAMIにインストールしていくのは賢明ではないとのこと。一度肥大化したAMIを小さくするのは非常に面倒くさいそうです。（インスタンスの削除も面倒くさかった。）
samtools のインストール
AMIはスタンダードなAmazon Linuxを使用。ただし、デフォルトではコンパイラとtviewに必要なncursesなどが入っていないので、次のおまじないを唱えておく（コンパイラがはいっていないAmazon OSは多いようです）。
sudo yum groupinstall "Development Tools" sudo yum install ncurses-develsudo yum install bzip2-develsudo yum install xz-develあとはマニュアル通り。./configure -> make (-> make intall)。
htslib, bcftools はこれでインストールできた。
Trimmomaticのインストール
普通にダウンロードすればよい。
GATKのインストール
ver4になってから、一気に置き去りにされたGATK。Sparkの勉強してやる。
GATKはjdk1.8を使う。java のバージョン変更が必要なときのおまじない。
sudo alternatives --config java
以上のものが普段使いなので、AMI上にインストール。インストールしたら、イメージの保存。手順は以下の通り。
インスタンス → アクション → イメージ → イメージの作成。