Los niños con PKU que aun no tienen un tratamiento, parecen normales al momento de nacer. Pero entre los 3 y los 6 meses comienzan a perder interés en lo que ocurre a su alrededor. Al año, los niños ya tienen un retraso en el desarrollo y su piel tiene menos pigmentación que la de otro niño sin la enfermedad. Si las personas con PKU no limitan la ingesta de fenilalanina en su dieta, desarrollan discapacidades intelectuales y del desarrollo graves.
Otros síntomas son: