一、設校歷史
明治31年（1898年）10月，於大稻埕建昌後街（原臺坂公司舊址，今貴德街）創立「臺北小學校」。
明治36年（1902年），改名為「臺北第一尋常高等小學校」。
大正4年（1915年），改名為「臺北第一高等小學校」。
大正5年（1916年），改名為「臺北高等小學校」。
大正11年（1922年），改名為「臺北市末廣高等小學校」。
昭和16年（1941年），改名為「臺北市末廣國民學校」。
民國35年（1946年）2月，校名更改為「臺北市城中區福星國民學校」，開辦附設幼兒園及夜間福星初級中學。
民國40年（1951年），林福裕先生創立「福星國小兒童合唱團」，台灣第一個兒童合唱團。
民國48年（1959年），為容納福星國小無法收納的學生，於隔壁設立中興國小。
民國57年（1968年）8月，實施九年國民義務教育，校名更改為「臺北市城中區福星國民小學」。
民國62年（1973年）9月，成立音樂資賦優異兒童教育實驗班。
民國66年（1977年）3月10日，晚間中華路火災，波及福星國小，燒毀東側教室40間。
民國79年（1990年）8月，臺北市行政區域調整，該校更名為「臺北市萬華區福星國民小學」。
民國93年（2004年）8月，與中興國小合併，為臺北市併校的第一例。
民國96年（2007年）榮獲「優質學校—資源統整」標章。
民國96年（2007年）成立排球體育班。
民國97年（2008年）榮獲「優質學校—校園營造」標章。
民國98年（2009年）榮獲「優質學校—校園文化」標章。
民國104年（2015年）8月，由陳清義校長接任。
民國107年（2018年）榮獲臺北市優質學校─學校領導優質獎。
民國108年（2019年）8月，陳清義校長連任。
民國108年（2019年）11月，音樂班訪問日本岩手縣奧州市。
民國109年（2020年）榮獲臺北市交通安全金輪獎特優。
民國109年（2020年）幼兒園教學團隊獲得臺北市教學卓越優選獎。
民國111年（2022年）轉型為雙語教育學校。
二、社區環境
本校創立至今已有125年之校史，位居臺北市交通樞紐地帶，地處中華路北端（原中華商場孝棟），緊鄰北門、臺北車站（臺鐵、高鐵、桃園機場捷運、捷運淡水信義線、板南線與松山新店線等六鐵共構）、中山堂、國定古蹟北門文化園區、西門町商圈鬧區、臺灣省城隍廟、新公園與總統府，是富有歷史文化的社區；鄰近機場捷運站「臺北關」出口，現在可在捷運站直接做登機Check in作業，遇距離國門最方便的地區；區內人文薈萃，與古蹟、舊街、文物資料館、博物館…等教育機構毗鄰而居，提供本校親師生豐富的本土歷史文化與國際教育教學資源。
在歷任校長卓越領導與精心擘劃過程中，完成了中興、福星兩校合併的艱難任務，過程平和順利，成為全國也是臺北市第一所併校成功的國民小學。目前本校亦在陳清義校長穩健而踏實的領導下，各方面表現蒸蒸日上，學生在臺北市國民小學學力檢測成績名列前茅，體育團隊屢獲台北市第一名，音樂團隊獲臺北市音樂比賽連續六屆第一名，並能有效發揮親師生團隊合作與向心力，營造精緻溫馨的學習環境，每年受新聞報導學校亮點十多篇，成為一所傳統與現代、學校與社區、學校空間景觀與都市造街相互結合之開放、健康、安全而且自然的多功能學校。
三、學校規模
(一)班級數
1.普通班 26 班
2.特殊班（藝術才能音樂班） 4 班
3.資源班 2 班
(二)學生數
男 352 人，女 334人，總計 686 人。
(三)人員編制
1.教師編制人數(含校長)： 共 74 人，本學年聘用長期代課教師共 3 人。
2.專任職員總數共 15人。