La estructura orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH) esta dividida en los siguientes niveles:
Dirección Superior
Consejo Universitario
Junta de Dirección Universitaria
Ejecutivo y Académico
Rectoría
Abogado General
Secretaría General
Secretaría Ejecutiva de Administración de Proyectos de Infraestructura
Secretaría Ejecutiva de Administración y Finanzas
Secretaría Ejecutiva de Desarrollo Institucional
Dirección Ejecutiva de Gestión y Tecnología
Dirección de Comunicación Estratégica
Vicerrectoría Académica
Vicerrectoría de Orientación y Asuntos Estudiantiles
Vicerrectoría de Relaciones Internacionales
Facultades
Centros Regionales
Control
Comisión de Control de Gestión
Auditoría Interna
Cuerpo Auxiliar
Dirección de Educación Superior
Comisionado Universitario