La Universidad Nacional de Agricultura tiene sus orígenes en la Escuela Granja Demostrativa creada mediante Decreto Legislativo No. 35 del 20 de enero de 1950 del Congreso Nacional de Honduras, la cual cambió su denominación a Escuela Nacional de Agricultura a partir del año de 1968.
Su conversión a Universidad fue autorizada por el soberano Congreso Nacional de la República mediante Decreto No. 192-2001 de fecha 01 de noviembre del 2001 y publicado en el Diario Oficial La Gaceta con fecha 06 de diciembre del 2001. Para todos los efectos legales aplicables, la Universidad Nacional de Agricultura sustituye a la Escuela Nacional de Agricultura.
La creación, organización y funcionamiento de la Universidad Nacional de Agricultura fue aprobado por el Consejo de Educación Superior mediante Acuerdo 1058-153-2002 del 02 de diciembre de 2002. La ENA pasa a llamarse Universidad Nacional de Agricultura (UNA), una institución de educación superior con autogobierno dedicada a la formación de profesionales en ciencias agropecuarias y afines.