A pesar de tener tantas ventajas, la energía eólica tampoco es perfecta. Entre sus inconvenientes, los más importantes son:
- La intermitancia del viento. El viento muchas veces es impredecible y esto hace que este problema sea probablemente el más importante dentro de todos aquellos asociados a la producción de electricidad en las "granjas de viento" o "parques eólicos".
- Muchas veces, los mejores parajes para colocar los aerogeneradores se encuentran en lugares remotos. Generalmente, entornos montañosos relativamente lejos de núcleos urbanos.
- Otro factor es la contaminación acústica. A pesar de ello, hay que considerar que el ruido producido por una turbina eólica en movimiento cae exponencialmente al alejarse de esta. A unos 500 m de distancia de la turbina, la intensidad de sonido es de unos 35 dB, que un no es mucho si se condidera que la intensidad de una conversación normal es de unos 60 dB.
- Aunque en un principio no lo parezca, la estética es un factor crucial, no solo en este caso, sino en muchos otros ámbitos. Los aerogeneradores no son siempre los cuerpos que mejor encajan en la naturaleza. Es verdad que uno podría pensar que sus beneficios son importantes para echar por tierra estos pensamientos o reducir su importancia, pero el hecho de ver turbinas eólicas en el campo no es una vista bonita para todas las personas. A pesar de ello, sí que hay consenso en la afirmación de que las líneas de alto voltaje son menos estéticas aún.
- Las palas de las turbinas eólicas pueden tener efectos dañinos sobre la población de seres vivos voladores. Hay pruebas de que pájaros y murciélagos son matados por las palas al no verlas y chocar contra ellas. Por otra parte, también hay que considerar que el impacto también es positivo ya que la reducción de gases de efecto invernadero (GHG) mejora el funcionamiento de los ecosistemas y, consecuentemente, de la biocenosis.
- En cuanto a la seguridad en general, el mayor peligro asociado a las turbinas, una vez que están instaladas en un lugar determinado, es la posibilidad de que alguna pala se dañe y se suelte, pudiendo ocasinar algún accidente a los animales o personas que puedan encontrarse en los alrededores.