Já a doçaria tem raízes profundas, em grande parte por influência dos vários conventos e mosteiros que existiram na cidade. Exemplos disso são os Pastéis de Santa Clara ou as Arrufadas, bolo com selo de certificação regional. No que toca a doces recriados, é importante mencionar (e provar) o Pudim das Clarissas, os Crúzios, o Bolo de Santo António ou mesmo os Biscoitos Académicos, todos eles exemplos de revitalização de receitas ancestrais. Estas receitas que têm dezenas ou mesmo centenas de anos, receberam uma adaptação à cultura moderna, mantendo o sabor que tinham antigamente. Mais recentemente foram criados dois doces que pretendem homenagear acontecimentos ligados à história de Coimbra: os Sonhos de Pedro e Inês, numa alusão ao trágico romance de D. Pedro e D. Inês de Castro; e a Rosa da Rainha em honra de Dª. Isabel de Aragão, a Rainha Santa.

Apesar de não serem oriundos de Coimbra, os famosos pastéis e queijadas de Tentúgal também são presença assíduas nas pastelarias da cidade, bem como as Nevadas de Penacova ou as Queijadas de Pereira. A grande maioria destes doces encontra-se à venda nas pastelarias da cidade, mas todos eles podem ser apreciados na Mostra de Doçaria Conventual e Regional de Coimbra, que se realiza anualmente na cidade.