El acervo biológico depositado en la Colección (CIB-UAEM) se ha conformado debido a la necesidad de producir conocimiento de la fauna de peces a nivel regional se han llevado a cabo diversos proyectos de investigación, colaboración y vinculación con instituciones de educación e investigación, así como con instancias de gobierno. En la actualidad CIB-UAEM, resguarda ejemplares provinientes de diferentes cuencas hidrológicas de la República Mexicana, tanto de ambientes dulceacuícolas como de ecosistemas costeros. De acuerdo con las 13 regiones hidrológicas administrativas de México (Comisión Nacional del Agua, 2008), la colección cuenta con registros de las siguientes: región V (Pacífico sur, parael estado de Guerrero), región VI (río Bravo, con registros para el estado de Coahuila), región VIII (Lerma-Santiago-Pacífico, con registros para el Estado de México, Guanajuato, Jalisco, Nayarit y Zacatecas), región IX (Golfo norte, con registros para los estados de San Luis Potosí y Veracruz), región X (Golfo centro, con registros para el estado de Veracruz), región XI (Frontera sur con registros para el estado de Chiapas) y región XII (Península Yucatán, con registros para este estado).
La región hidrológica Balsas (región IV, con registros de los estados de Guerrero, Michoacán, Morelos y Puebla) es la mejor representada en la Colección, pues cuenta con registros históricos que datan de 1983, además de contar con un monitoreo periódico en algunas regiones de la cuenca. Asimismo, existen registros para la Bahía de Matanchén, estado de Nayarit, recopilados durante 13 años de estudios sistemáticos.
Si consideran las regiones hidrológicas prioritarias propuestas por la CONABIO en 1998, la CICIB-UAEM cuenta con registros y almacenamiento de la fauna de peces de las siguientes zonas: región Pacífico tropical (región 23: San Blas-La Tovara, 27: cuenca baja del río Balsas, 28: río Atoyac-laguna de Coyuca y 29: río Papagayo-Acapulco); región altiplano norte (48: Cuatro Ciénegas); región centro (59: presas río Turbio, 67: río Amacuzac-laguna de Zempoala), y para la región Golfo de México (74: lago de la Media Luna).
La Colección Ictiológica está ordenada taxonómicamente en dos clases (Chondrichthyes y Actinopterygii), 18 órdenes, 49 familias, 104 géneros y 159 especies. El listado ictiológico que se presenta sigue el ordenamiento sistemático para las categorias supragenéricas de acuerdo con Nelson (2006), mientras que la clasificación de los géneros y sus respectivas especies se realizó en orden alfabético; para la nomenclatura de las especies se mantuvieron los criterios de Eschmeyer (1989).
El orden taxonómico mejor representado en la CICIB para la clase Chondrichthyes es el de los Myliobatiformes, con tres familias mientras que para la clase Actinopterygii, el orden Perciformes está representado por 15 familias, seguido de los Cyprinodontiformes y los Siluriformes, con cuatro familias cada uno.
Para el caso de las familias de la clase Chondrichthyes, Urolophidae, Rhinobatidae y Gymnuridae están representadas por un género y una especie.
Considerando la clase Actinopterygii, la familia Poeciliidae es la mejor representada, con seis géneros y 15 especies, seguida de Carangidae con siete géneros y 14 especies, Sciaenidae con 10 géneros y ocho especies, Cichlidae con siete géneros y 13 especies, Goodeidae con siete géneros y ocho especies , Atherinopsidae con dos géneros y ocho especies y Cyprinidae con cinco géneros y seis especies, mientras que 18 familias están representadas sólo por un genero y una especie.
La región hidrológica de la cuenca del Balsas, en su parte alta es la mejor representada, con un registro histórico hasta el momento de 25 especies, comprendidas en 20 géneros y nueve familias. De estas especies es importante mencionar que 15 son introducidas (C. carpio, P. disjunctivus, P. pardalis, I. punctatus, H. bimaculata, P. retuculata, P. gracilis, X. helleri, L. macrochirus, M. salmoides, A. rivulatus, A. nigrofasciata, H. cyanoguttatus, O. mossambicus y T. ellioti), las cuales en algunos casos se han convertido en invasoras; seis especies son nativas (N. moralesi, A. aeneus, I. whitei y P. balsas).