La fuente de agua del Valle de Guadalupe es el Acuífero Guadalupe, un acuífero no confinado y conformado por dos fosas alineadas de noreste a suroeste: la fosa Calafia y la fosa El Porvenir. El acuífero se alimenta o recarga del agua que fluye naturalmente de forma superficial y subterránea por toda el área de drenaje del Arroyo Guadalupe, el cual tiene su origen en la Sierra de Juárez; además, se recarga parcialmente por la precipitación captada directamente en el valle y por el exceso de irrigación por parte de los suelos con uso agrícola (Campos-Gaytan et al., 2014; Campos Gaytán, 2008).