El acuífero Guadalupe se localiza en la misma zona que el valle de Guadalupe y ambos forman parte de la subcuenca hidrológica denominada subcuenca Guadalupe. A lo largo de esta subcuenca corre el arroyo Guadalupe, el cual nace en la Sierra de Juárez, pasa por los valles de Ojos Negros y Guadalupe y finalmente, desemboca en el Océano Pacífico en donde se localiza el poblado de La Misión.

Para conocer cuánta agua existe en el acuífero Guadalupe, se realizan modelos matemáticos que estiman cuánta agua ingresa para recargar el acuífero y cuánta agua se extrae (descarga). A este tipo de modelos se les llama “modelos de flujo subterráneo” los cuales requieren entre otras cosas, información sobre la configuración geohidrológica del acuífero, las posibles entradas y salidas de agua y de mediciones del nivel freático.