Ｒ環境の準備

研究センター内ではeduroamが使用可能です。自由にアクセスできるwifiはありません。ネットへの接続が必要な方はご自身でご用意ください。ただしキャリアによっては４Gの電波は弱いことが予想されます。

会場ではネット環境が不安定であることを前提に、以下の設定は必ず、すべて講習会当日よりも前に各参加者で終了させてください。

１．計算機の使用OSは問いません（Windows, Mac OSX9.5以降, Linux）が、使用OSに応じて以下の二つのアプリケーションのインストールが必要です。 WindowsとOSXユーザー向けに以下に説明しますが、もっと丁寧な説明が知りたい方は、”データ解析環境「R」”という本をご覧ください。

（１）R環境: https://cran.ism.ac.jp/index.html

（２）RStudio Desktop: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

２．Rstudio desktopからの、必要なライブラリ（vegan，scatterplot3d, picante, GUniFrac, SYNCSA）のインストールと読み込み確認

３．（準備中）「参考資料ダウンロード」のページから、この統計解析講座のためのサンプルコードをダウンロードしてください。

R環境のインストール

CRANにアクセスします。

https://cran.ism.ac.jp/index.html

Windowsユーザーは、”Download and Install R”の部分のリンク”Download R for Windows”以下からたどっていくか、以下のリンクを直接クリックしてページトップのリンクから”R-3.4.1-win.exe”をダウンロードします。

https://cran.ism.ac.jp/bin/windows/base/

MacOSXユーザーは、”Download and Install R”の部分のリンク”Download R for (Mac) OS X”をクリックして、OSXのバージョンに応じた".pkg"の拡張子で終わるファイルをダウンロードします。OSXのバージョンの確認の仕方はこちら。

いずれのOSもダウンロードしたファイル（インストーラ）を開けばインストールのガイダンスが始まりますのでそれに従ってインストールします。

プログラム（アプリケーション）フォルダに「R」フォルダができているか、デスクトップに「R」のショートカットができていればインストールは成功です。

Rstudio desktopのインストール

Rstudioのダウンロードサイトにアクセスします。

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

”Installers”の部分から、自分の使用OSにあったインストーラをダウンロードします。

インストーラを開き、ガイダンスに従ってインストールします。

R、あるいはRstudio desktop (以下Rstudio) の起動画面は、以下のウェブサイトを見ると雰囲気がわかると思います。

R と R Studioのインストール

ライブラリのインストールと読み込み確認

Rstudio desktopのproxy設定

大学・職場環境によってはプロキシ（proxy）を介してインターネットに接続していることがあり、Rのライブラリをインストールするにあたって事前の環境設定が必要です。プロキシが設定されていない環境では以下の作業は必要ありません。なお、すでにプロキシ環境下でRを問題なく使用しているが、Rstudioをはじめて使う人については、以下の作業はおそらく必要ありません。

RstudioのショートカットをダブルクリックしてRstudioを起動します。左下の画面、”Console”に次の文字を打ち込んでリターンキーを押します。

file.edit('~/.Renviron')

すると上の画面（エディタ）にこのファイルがもともと存在しなければ中身のないファイルが、中身があれば何かテキストが表示されます。以下のような内容を追記して保存します。この例はhttp, https, ftpプロキシがそれぞれ、hogehoge1.ac.jp, hogehoge2.ac.jp, hogehoge3.ac.jp， ポートがすべて8080の場合です。"http://"等の部分を省略しないよう、気をつけます。何の話をしているか分からない方は、システム管理者にお尋ねください。

http_proxy=http://hogehoge1.ac.jp:8080

https_proxy=https://hogehoge2.ac.jp:8080

ftp_proxy=ftp://hogehoge.ac.jp:8080

保存したらこの設定を読み込むために一度R studioを閉じます。その後、再びRstudioを起動し、“Console”に以下の文字を打ち込みリターンキーを押すと、プロキシの情報が正常に読み込まれているか確認できます。

Sys.getenv(c("http_proxy", "https_proxy", "ftp_proxy"))

以上の情報はオフィシャルサイトに基づきます。

https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use-an-HTTP-or-HTTPS-Proxy

ライブラリのインストールと読み込み確認

RstudioのツールバーのTools>Install Packages..をたどって、空欄に"vegan"とタイプした後、”Install dependencies”のオプションをチェックしたままでInstallをクリックすれば、この講習会で必要なveganパッケージをインストールできます。インストールが成功していれば、Rstudioのコンソールに以下のコマンドを入れてリターンキーを押したときエラーメッセージが表示されることなくveganライブラリーと関連するライブラリーが読み込まれます。

library(vegan)

veganのインストールがうまくいったら、同じ方法で、picante, scatterplot3d, GUniFrac, SYNCSA という3つのライブラリーをインストールします。

以上の説明で分からない場合は、以下のマニュアルに従ってください。GUI（グラフィカルユーザーインターフェイス）の外見はOSのバージョンやWindows, Mac OSX, Linuxの違いにより若干異なりますが気にしないことにします。

veganのインストールがうまくいったら、同様に、picante, GUniFrac, SYNCSA という3つのライブラリーをインストールします。