ここでは、以下の内容でRスクリプトを使ったエコプレート解析の方法を解説します。
１）エコプレートのデータファイルの準備
２）Rスクリプト全体のデザイン
３）エコプレートのデータファイルの読み込み
４）エコプレートの生データの変換
５）多変量解析の基礎 (PCA, 非類似度の計算, PCoA)
６）多変量解析の基礎２
エコプレートデータを用いた、PCoAにより可視化・および処理間の違いの検定・multifunctionalityの計算
EcoPlate解析 （5）（English）
７）基質間の化学的非類似度を考慮したエコプレートの多変量解析
未発表データを含むため、希望者にのみメールで送ります(tks.miki.ecology@gmail.com
以上の内容は、以下の論文の内容の詳細な解説となっています。
T Miki, T Yokokawa, P-J Ke, I-F Hsieh, C-h Hsieh, T Kume, K Yoneya, K Matsui (2018) Statistical recipe for quantifying microbial functional diversity from EcoPlate metabolic profiling. Ecological Research (published online) https://doi.org/10.1007/s11284-017-1554-0