La descrizione araldica dello stemma è la seguente:
«D'argento, al ponte di rosso murato di nero in tre arcate sormontato da un gonfalone in sbarra, rivoltato, di rosso alla croce d'argento. Ornamenti esteriori da comune.»
Lo stemma venne concesso al comune di Boffalora sopra Ticino il 9 novembre 1933.
L'esistenza sul territorio del Comune di un antico ponte costruito nel 1603 e la presenza del fiume Ticino nei suoi pressi fanno ritenere che i criteri adottati nella concezione dello stemma abbiano finalità descrittive del territorio.
L'elemento più significativo presente all'interno dello stemma comunale è indubbiamente il ponte. Esso richiama all'elemento fondamentale per lo sviluppo del borgo sin dalle epoche più antiche, anche se esso non vuole esplicitamente richiamare il ponte sul Naviglio Grande, in quanto questo si presenta mattonato a tre arcate. Il riferimento è dunque a Boffalora sopra Ticino come un luogo di transito da una sponda all'altra prima del Ticino e poi dello stesso Naviglio.
Sopra il ponte è presente "in sbarra" un gonfalone rosso con una croce d'argento, che rimanda chiaramente alla bandiera dei Savoia i quali, grazie alla Battaglia di Boffalora del 3 giugno 1859, riuscirono a penetrare in Lombardia e ad annettere il milanese.