De maneira geral, o solo dos ecossistemas de mangue pode ser descrito como lamacento, nas tonalidades cinza ou preto, de pH alto quando comparado aos niveis ideais para a maioria das plantas, além de pouco oxigenado e altamente salino. Todas estas características resultam na sobrevivência e ocupação de apenas algumas poucas espécies, adaptadas a estas condições, que não se desenvolvem fora destes ambientes.
Devido a baixa energia dos estuários, os ambientes de manguezal servem de deposito de argila, aumentando muito a predominância de partículas nesta granulometria em seus solos, com partículas de silte estão em menor quantidade, seguidas pela baixa quantidade de areia nos solos de manguezal. A predominância de argila nos solos de mangue não apenas dificulta a percolação da agua, produzindo as lamas densas típicas destes ambientes, como também dificultam a oxigenação destes solos. (PRADA-GAMERO et al, 2001). A quebra de partículas maiores também é influenciada pelo meio salino e de alto teor hídrico, resultando na formação de partículas de argila in loco.
A grande quantidade de agua torna as reações de redução dos ions de ferro, comumente encontradas na forma de óxidos (FeO e Fe²0³), transformando-os em sulfatos ferrosos (FeS) e em pirita (FeS²), além de melhorando sua percolação, eliminando completamente este ferro do horizonte superior do solo, o que resulta em uma coloração cinza ou cinza-amarelada, também muito característica dos solos de mangue, os dando o caractere de um gleissolo. Contudo, a acumulação de matéria orgânica no horizonte superior, causado principalmente pela dificuldade de decomposição da matéria orgânica causada pela alta salinidade e baixa oxigenação do solo, pode dar ao solo uma característica de organosolo (EMBRAPA, 2006).
A maior parte dos solos de mangue são considerados distroficos em relação aos nutrientes, com uma das excessões sendo os manguezais do estado do Pará, aqui no Brasil(SILVA & FERNANDES, 2014). A sobrevivencia das plantas de mangue esta intimamente relacionada ao ciclagem dos nutrientes já presentes, alem da deposição dos nutrientes lixiviados paras as aguas fluviais e do estoque de minerais marinhos. (HOGARTH, 2015)
A grande quantidade de materia organica alem da perca dos minerais do solo e a atividade redutiva das bacterias são possiveis causas do alto pH mencionado anteriormente.
Esse acumulo de matéria orgânica resulta da menor atividade bacteriana destes locais, o que possibilita na imobilização de C, dificultando seu retorno para a atmosfera, tornando o manguezal o maior sumidouro de carbono entre as vegetações costeiras, ainda que grande parte deste C esteja armazenado na vegetação que cresce nestes ambientes (SHIAU & CHIU, 2020). Alem disso, a emissão de metano é menor nestes ambientes quando comparado a terras inundadas de agua doce, uma vez que a salinidade e a maior presença de reduzem a atividade das bactérias quimioheterotroficas, as reduzindo a subsuperficie, além de favorecer o aparecimento de bactérias metanotroficas na superfície, que utilizarão o metano gerado na camada inferior
O ciclo do nitrogênio também é de grande importância, uma vez que o ambiente é bastante N-limitante. Cianobacterias, diatomáceas e bactérias nitrificantes realizam a redução de nitratos em amônio, fazendo com que ele seja rapidamente reabsorvido e não se perdendo. Contudo, devido ao aumento das temperaturas, tem se notado um aumento na perca de N por , resultando numa menor capacidade de retenção do nitrogênio e na liberação do Oxido Nitroso, um potencial gás de efeito estufa.
O fosforo, absorvido majoritariamente por fungos micorrizicos, não encontra tradicionamente biodisponivel, tanto pela formação de fosfatos ferrosos quanto pela ausencia de micorrizas em salinidades mais altas. O ciclo do Fosforo nos mangues é composto pela formação e degradação dos fosfatos ferrosos, tornando o fosforo temporariamente biodisponivel.
O ciclo do enxofre não encontra grandes obstaculos, sendo inclusive mais proeminente na superficie de maguezais que em solos convencionais.