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Axel W. Bauer wurde am 6. April 1955 in Karlsruhe geboren. 1974 Abitur am altsprachlichen Bismarck-Gymnasium in Karlsruhe. Von 1974 bis 1979 Studium der Humanmedizin an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, 1979/80 Praktisches Jahr am Städtischen Klinikum Karlsruhe in den Fächern Pädiatrie, Innere Medizin und Chirurgie. 1980 Staatsexamen in Medizin, Promotion zum Dr. med. und Approbation als Arzt. Von 1981 bis 1986 Hochschulassistent am Institut für Geschichte der Medizin der Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg, 1986 Habilitation und Privatdozent für Geschichte der Medizin. 2002 Erweiterung der Lehrbefugnis auf Geschichte, Theorie und Ethik der Medizin durch die Medizinische Fakultät Heidelberg, erstmalig in dieser Kombination an einer Medizinischen Fakultät in Deutschland. Von 1986 bis 1989 und von 1998 bis 1999 Vertreter der C4-Professur für Geschichte der Medizin, von 1987 bis 1989 zugleich Kommissarischer Direktor des Instituts für Geschichte der Medizin der Universität Heidelberg. Von 1989 bis 1995 Hochschuldozent. 1992 Ernennung zum außerplanmäßigen Professor an der Universität Heidelberg durch den Minister für Wissenschaft, Forschung und Kunst des Landes Baden-Württemberg.

Von 1987 bis 2004 zugleich Lehrbeauftragter an der damaligen Fakultät für Klinische Medizin Mannheim der Universität Heidelberg, 1987 bis 1994 zunächst für Geschichte der Medizin, ab 1994 bis 2004 jedoch bereits für Geschichte, Theorie und Ethik der Medizin als erster Hochschullehrer dieser Fächertrias in Deutschland. Vom 1. Oktober 2004 bis zum 30. September 2025 leitete Axel W. Bauer als Professor für Geschichte, Theorie und Ethik der Medizin dieses Fachgebiet an der Medizinischen Fakultät Mannheim der Universität Heidelberg. 

Aktuelle Mitgliedschaften: Fachverband Medizingeschichte; Akademie für Ethik in der Medizin; Wissenschaftlicher Beirat des Instituts für medizinische Ethik, Grundlagen und Methoden der Psychotherapie und Gesundheitskultur (IEPG), Mannheim; Juristen-Vereinigung Lebensrecht e. V.; Herausgeberbeirat der Zeitschrift für Lebensrecht (ZfL); Christdemokraten für das Leben (CDL); Europäische Akademie der Wissenschaften und Künste (Academia Scientiarum et Artium Europaea); Ethikkommission II der Universität Heidelberg an der Medizinischen Fakultät Mannheim.

Frühere Mitgliedschaften: Mitglied im Beirat „Bio- und Gentechnologie“ der CDU/CSU-Fraktion des Deutschen Bundestages (2001 bis 2005). Gründungsvorsitzender des Klinischen Ethik-Komitees (KEK) am Universitätsklinikum Mannheim (2004 bis 2010). Mitglied im Deutschen Ethikrat (2008 bis 2012).

Forschungsschwerpunkte: Geschichte der Pathologie und der Pathologischen Anatomie, Institutionalisierung me­dizinischer Disziplinen im 19. und 20. Jahrhundert, Entwicklung der naturwissenschaftlichen Medizin im 19. und 20. Jahrhundert, Wissenschaftstheorie in der Medizin, Medizinische Ethik und Bioethik (Forschung an menschlichen embryonalen Stammzellen, Präimplantationsdiagnostik, Autonomie am Lebensende, Ethik in der Onkologie), Ethik und Recht in der Medizin, Metaethik und Begründungsansätze in der Ethik.

526 Publikationen, darunter sind die folgenden 11 Monographien:

Axel Bauer: Die Krankheitslehre auf dem Weg zur naturwissenschaftlichen Morphologie: Pathologie auf den Versammlungen Deutscher Naturforscher und Ärzte von 1822-1872. (Schriftenreihe zur Geschichte der Versammlungen Deutscher Naturforscher und Ärzte, Band 5.) WVG, Stuttgart 1989; Hans-Günther Sonntag und Axel Bauer (Hrsg.): 100 Jahre Hygiene-Institut der Universität Heidelberg 1892-1992. HVA, Heidelberg 1992; Axel Bauer (Hrsg.): Theorie der Medizin. Dialoge zwischen Grundlagenfächern und Klinik. J. A. Barth Verlag, Heidelberg, Leipzig 1995; Axel W. Bauer (Hrsg.): Medizinische Ethik am Beginn des 21. Jahrhunderts: Theoretische Konzepte, Klinische Probleme, Ärztli­ches Handeln. J.A. Barth Verlag, Heidelberg, Leipzig 1998; Axel W. Bauer: Vom Nothaus zum Mann­heimer Univer­sitätsklinikum. Krankenversorgung, Lehre und Forschung im medizinhistorischen Rückblick. verlag regionalkultur, Ubstadt-Weiher 2002; Axel W. Bauer und Grietje Beck (Hrsg.): Anästhesie am Mannheimer Universitätsklinikum 1952-2009. Von den ersten Narkoseärztinnen bis zur Klinik für Anästhesiologie und Operative Intensivmedizin. Mannheim 2009; Axel W. Bauer: Todes Helfer. Warum der Staat mit dem neuen Paragraphen 217 StGB die Mitwirkung am Suizid fördern will. Waltrop und Leipzig 2013; Christel Weiß und Axel W. Bauer: Promotion. Die medizinische Doktorarbeit - von der Themensuche bis zur Dissertation. 4., vollständig überarbeitete Auflage, Georg Thieme Verlag, Stuttgart, New York 2015; Axel W. Bauer und Anthony D. Ho (Hrsg.): „Nicht blos künstlich in einem Spitale“. Die Medizinische Universitäts-Poliklinik Heidelberg und ihr Weg von der Stadtpraxis bis zur Blutstammzelltransplantation. 2., erweiterte und aktualisierte Auflage, Heidelberg und Mannheim 2016; Axel W. Bauer: Normative Entgrenzung. Themen und Dilemmata der Medizin- und Bioethik in Deutschland. Springer VS, Wiesbaden 2017; Axel W. Bauer, Ralf-Dieter Hofheinz und Jochen S. Utikal (Hrsg.): Ethical Challenges in Cancer Diagnosis and Therapy. (= Recent Results in Cancer Research, 218.) Springer Nature Switzerland AG, Cham 2021.