Recientemente, ha surgido una preocupación particular sobre el papel de nuevos factores de estrés, como los microcontaminantes orgánicos, los microplásticos, los nanomateriales o el desarrollo de genes de resistencia a los antibióticos, los cuales pueden representar amenazas con consecuencias aún desconocidas tanto para la salud humana como para los ecosistemas de agua dulce.

Además, la progresiva eliminación de estructuras transversales y laterales en los ríos, con el objetivo de restablecer la continuidad hidro-morfológica lateral y longitudinal, puede reabrir un legado de sedimentos contaminados cuyo destino debe ser rastreado y abordado adecuadamente por las autoridades del agua, no solo en la parte continental de los ríos, sino también en la interfaz tierra-mar, es decir, en los estuarios.

Las complejas y adaptativas interacciones entre los sistemas ecológicos y sociales conducen a cambios estructurales que deben comprenderse mejor para dar una respuesta adecuada a las nuevas dinámicas (por ejemplo, Mar Menor, Doñana, Mancha Oriental, etc.) que ponen en riesgo tanto los ecosistemas como la sostenibilidad del desarrollo económico en las zonas rurales.