מתבודד בתיכון מקבל את המשרה החלקית של חייו כנינג'ה מודרנית עם המשימה לבצע התנקשויות בינלאומיות
לאחר מלחמת העולם השנייה, פיקוד בעלות הברית ביפן פיתח סוכנות חדשה שתסייע בניהול טרור ואלימות באזור האוקיינוס ​​השקט. הסוכנות הייתה מאוישת בנינג'ות ובתחילה הוטלה עליהם המשימה לטפל בענייני פנים. בסופו של דבר התוכנית הזו צמחה לצורתה הנוכחית, וניהלה 20,000 נינג'ות במגוון עניינים מקומיים ובינלאומיים. אחד מהנינג'ות האלה הוא במקרה קודו. תלמיד תיכון בן השבע-עשרה עומד כעת להיות קו ההגנה הבא נגד גל פוטנציאלי של מתנקשים זרים שפלשו לטוקיו