A partir du XIXe siècle, plusieurs documents signalent le mauvais état dans lequel l'église se trouvait et détaillent les multiples réparations ou transformations, tant extérieures qu'intérieures, qu'elle a subies :
1806 : restauration du groupe de saint Martin ;
1809 : travaux de couverture, revêtement des piliers des tourelles ;
18... : démolition du porche délabré de la porte sud ; condamnation d'ouvertures (notamment une fenêtre ronde au-dessus des fonds baptismaux) ;
1833 : pose d'une barrière devant le sanctuaire (retirée depuis) ;
1838 : réparation de toiture ;
1839 : badigeonnage des murs intérieurs ;
1851 : exhaussement et parquetage du sol du sanctuaire ;
1854 : déplacement de l'horloge du clocher (supprimée depuis) ;
1855 : travaux dans la chapelle de la Vierge (pose de parquet et d'une barrière en bois) ;
1858 : installation d'un coq de clocher ;
1861 : relèvement, depuis l'abside jusqu'au banc d'œuvre, du sol qui se trouvait environ à 1 mètre en-dessous de celui de la place depuis la construction de la route départementale ; réfection du carrelage du chœur ; ouverture de la baie centrale de l'abside ;
1864 : exhaussement du sol des autres parties de l'édifice ;
1873 : crépissage des murs intérieurs et des huit piliers, réfection de la porte à deux vantaux donnant sur la place, de cinq croisées avec renouvellement de trois colonnes avec cintres en pierre de taille et de trois croisées dans le sanctuaire ;
1882 : réparation de la toiture.
Malgré ces travaux, l’église commença à se dégrader sérieusement à partir de 1905 et, à compter des lois séparatistes, aucune grosse réparation ne fut plus réalisée. Trois décennies plus tard, l'édifice se trouvait dans un état pitoyable : la pluie pénétrait à l'intérieur, creusant les dalles, rongeant les poutres, occasionnant la pourriture des objets du culte, des voûtes et des murs ; plusieurs vitraux étaient brisés ; le carrelage avait été détruit depuis une inondation en 1918 ; la cloche s'était tue ; le clocheton menaçait de s'effondrer.
La préfecture refusant d'accorder la subvention sollicitée par le maire, au motif que l'église n'était pas classée, celle-ci paraissait vouée à la démolition. Toutefois, l'intérêt manifesté par l'évêché et l'intervention de la Sauvegarde de l’Art français permirent une véritable opération de sauvetage avec le concours du Touring-Club de France et de l’Institut de France.
Ainsi, la municipalité décida en 1937 des travaux de couverture sur le clocher et sur les parties situées au nord et au sud de ce dernier, puis des travaux de plus grande envergure en trois tranches : démolition du clocheton, découverture et recouverture sur lattis neuf, réfection de l'égout, des solins et du faîtage, ravalement du clocher et allongement de sa croix (marché du 2 juillet 1938) ; réfection de la toiture du transept et de l'abside avec démolition des tourelles latérales (marché du 6 août 1938) ; découverture et recouverture sur lattis neuf de la nef, dépose et réfection du faîtage et des arêtiers, remplacement de l’égout, rejointement des rempants en maçonnerie, remplacement de chevrons et des tuiles manquantes (marché du 6 septembre 1938). A l'intérieur, la totalité de l'église fut blanchie à la chaux et le sol de la sacristie fut cimenté. Les travaux furent achevés avant l'hiver grâce au concours de bénévoles, notamment les scouts de Saint-Jean-les-deux-Jumeaux.
Le détail des financements est édifiant : 74 % des fonds eurent pour origine le mécénat et des dons, la commune n'ayant eu à supporter que 26 % du coût.
De nouvelles réparations furent effectuées en 1945 sur la charpente et aux coussinets de la cloche, en 1954 puis en 1971 sur la toiture de la sacristie et 1966-1967 sur les protections des vitraux.
En 1989, une nouvelle série de gros travaux fut entreprise : ravalement du clocher, importants travaux de couverture, ajout d'un fleuron en pierre sur le pignon occidental du clocher pour faire le pendant de celui qui existait déjà sur le pignon oriental, installation d'un paratonnerre et remplacement du vieux coq en zinc par un nouveau en cuivre qui fut mis en place en mai 1990. La couverture fut entièrement refaite au cours des années qui suivirent. Les travaux, prévue mais aussi imprévus, bénéficièrent à nouveau, d'une aide financière importante de la Sauvegarde de l'Art Français. Ils s'échelonnèrent sur plusieurs années. Ainsi, en 1994, l'arc doubleau du bas-côté nord, qui avait été étayé d'urgence en 1990, fut refait avec les éléments de voûte qui en partent. La même année, le remplage de la baie orientale de la chapelle de saint Antoine (au-dessus de l’autel de saint Joseph), qui était en très mauvais état, fut lui aussi refait. En même temps, le vitrail de saint Hubert, celui de saint Eloi et de saint Vincent, ainsi que celui de saint Martin et saint Antoine furent restaurés. Dans le même temps ou peu avant, on démolit l’habillage en lattes de bois couvertes de plâtre qui avait été façonné autour d’un pilier de la nef composé à l’origine de deux piliers accolés pour un aspect cylindrique identique à celui des autres piliers.
En 2004, la porte latérale fut restaurée.
En 2017, à la suites des inondations de l'année précédente, une partie du sol sévèrement détériorée a été carrelée à neuf et une remise de niveau du carrelage existant a été effectuée ponctuellement.
En avril 2018, un nettoyage du clocher a été effectué : une bonne quantité de fientes de pigeons et de plumes a pu être évacuée. Des grillages ont été replacés sur les différentes ouvertures pour empêcher l'intrusion des volatiles.